из-за того что некоторые домены идут на прямую, скорость загрузки страницы повышается

[Yandeko]

страница загружалась по 10-12 секунд, убрал эти домены
"yandex",
"yastatic",
"yadi.sk",
"google.com",
"gstatic.com",
так же это
"domain_suffix": [
".su",
".by"
],
"geoip":
"by",
"ru"

я не знаю какой из них влияет на скорость но страницы начали нормально грузится, так же стало заходить на habr и не выдавать что сайт заблокирован на территории РФ

[EmptyLibra]

Звучит так, как будто что-то не так с настройками маршрутизации.
Всё зависит от ваших настроек на стороне клиента и сервера. Без них сложно сказать.
Приложите настройки маршрутизации из nekobox (файл Default в папке <nekoboxPath>\config\routes_box) и какие-нибудь скрины настроек маршрутизации на сервере.

Вообще, укажите, на какие сайты вас не пускало. Может быть, они имеют российский домен и при этом заблокированы в РФ. Тогда с ними возможны проблемы.