关于无约束生成指标计算的细节问题

您好，感谢您的工作！在阅读论文后，我对无约束生成部分的指标有一些疑问：
1. **pLDDT**是每个预测的每个位置的值一起取平均吗？是否区分主链侧链等等。
2. **TM-score**是指Foldseek中的哪一种：alntmscore,qtmscore,ttmscore，还是别的计算方式？
3. 对于一个查询，**TM-score**是多少个target的平均（是取平均吗）？最终的TM-score又是怎么由多个查询的TM-score得到的呢？
4. **RMSD**相关问题同TM-score问题3。

我已经阅读了 README 和附录 A.5，但似乎没有找到这些细节的明确解释。如有遗漏，还请指正。
非常感谢您在百忙之中抽空解答！