[Atlas-v2] Simplification pyproject.toml et setup.py

Dans l'Atlas v2, il serait intéressant de d'utiliser uniquement le fichier `pyproject.toml` déjà présent et de supprimer l'utilisation de `setup.py` qui fait doublon et est un mécanisme déprécié.

L'utilisation de `pyproject.toml` permet également d'y intégrer directement le contenu du fichier `tox.ini`.