README.md

SemicircularDiagram

Улучшенная версия полукруглой диаграммы https://stackoverflow.com/a/47738295/22134124

Пример использования

library(ggforce)
library(tidyverse)
source('semicircle_diag.r', encoding = "utf-8")

df <- data.frame(
  group = c('A', 'V', 'C'),
  value = c(50, 30, 10)
)

myPalet <- RColorBrewer::brewer.pal(length(df$group), name = 'Set2')

parliament_plot <- semicircle_diag(df$group, df$value, myPalet, sort_order = 'descending')
print(parliament_plot)

Результат:

RepairFastqc

Востанавливает структуру FASTQC файлов

Пример

source('repair_fastq.r', encoding = "utf-8")

f <- list.files('.', pattern = '.fastq')
f <- f[-grep('gz', f)]
n <- gsub('.fastq', '_repaired.fq', f)

for(i in seq_along(f)) {
  repair_fastq(f[i], n[i])  
}

DownloadFile

Повторно загружает файл если было разорвано соединение

Пример

source('download_file.r', encoding = "utf-8")

meta <- read.xlsx('Salmonella_Genomes.xlsx')
link <- paste0(
  'https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2alpha/genome/accession/',
  meta$Assembly.Accession, '/download?include_annotation_type=GENOME_FASTA'
  )
file <- paste0('./download/', meta$Assembly.Accession, '.zip')

for (i in 1:nrow(meta)) {
  if (!file.exists(file[i])) {
    res <- download_file(link[i], file[i])
    print(paste0('Загружен: ', res, ' - ', i))
  }
}