diff --git a/freyja/data/last_barcode_update.txt b/freyja/data/last_barcode_update.txt index 0fbeee63..ced251aa 100644 --- a/freyja/data/last_barcode_update.txt +++ b/freyja/data/last_barcode_update.txt @@ -1 +1 @@ -09_02_2024-01-20 +09_03_2024-01-22 diff --git a/freyja/data/lineage_mutations.json b/freyja/data/lineage_mutations.json index 41c1ed10..92834a8d 100644 --- a/freyja/data/lineage_mutations.json +++ b/freyja/data/lineage_mutations.json @@ -250984,133 +250984,6 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "LP.4": [ - "C241T", - "T670G", - "C897A", - "C2790T", - "C3037T", - "G3431T", - "T3565C", - "G4184A", - "C4321T", - "C4999T", - "A6183G", - "C7113T", - "A7842G", - "C8293T", - "G8393A", - "C9344T", - "A9424G", - "C9534T", - "C10029T", - "C10198T", - "G10447A", - "C10449A", - "G11042T", - "G11727A", - "G12160A", - "C12789T", - "C12815T", - "C12880T", - "T13339C", - "C14408T", - "C15714T", - "T15756A", - "G17334T", - "C17410T", - "A18163G", - "A18492G", - "C18894T", - "C19955T", - "A20055G", - 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"C18490T", "A18492G", "C18894T", - "A19722G", "C19955T", "A20055G", "C21618T", "C21622T", "G21624C", - "G21665C", "C21711T", "G21941T", "T22032C", "C22033A", "A22034G", - "A22115G", + "A22106G", "T22200G", "C22208T", "C22295A", @@ -260086,6 +259957,7 @@ "G22775A", "A22786C", "G22813T", + "C22858T", "T22882G", "G22895C", "T22896A", @@ -260122,6 +259994,7 @@ "C24990T", "C25000T", "C25207T", + "T25510C", "C25584T", "C26060T", "C26270T", @@ -260146,7 +260019,7 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MK.2": [ + "MM.2": [ "C241T", "T670G", "C897A", @@ -260181,20 +260054,22 @@ "G17334T", "C17410T", "A18163G", + "C18490T", "A18492G", "C18894T", - "T19305C", "A19722G", "C19955T", "A20055G", "C21618T", "C21622T", "G21624C", + "G21665C", "C21711T", "G21941T", "T22032C", "C22033A", "A22034G", + "A22115G", "T22200G", "C22208T", "C22295A", @@ -260238,7 +260113,6 @@ "C23525T", "T23599G", "C23604G", - "A23796G", "C23854A", "G23948T", "C24378T", @@ -260251,7 +260125,6 @@ "C25584T", "C26060T", "C26270T", - "C26305T", "G26529C", "C26577G", "A26610G", @@ -260273,13 +260146,12 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "KP.3.1.5": [ + "MK.2": [ "C241T", "T670G", "C897A", "C2790T", "C3037T", - "G3259T", "G3431T", "T3565C", "G4184A", @@ -260311,6 +260183,7 @@ "A18163G", "A18492G", "C18894T", + "T19305C", "A19722G", "C19955T", "A20055G", @@ -260359,13 +260232,13 @@ "A23063T", "T23075C", "G23222A", - "C23230A", "C23271T", "A23403G", "C23423T", "C23525T", "T23599G", "C23604G", + "A23796G", "C23854A", "G23948T", "C24378T", @@ -260376,9 +260249,9 @@ "C25000T", "C25207T", "C25584T", - "A25948G", "C26060T", "C26270T", + "C26305T", "G26529C", "C26577G", "A26610G", @@ -260400,12 +260273,13 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MC.10": [ + "KP.3.1.5": [ "C241T", "T670G", "C897A", "C2790T", "C3037T", + "G3259T", "G3431T", "T3565C", "G4184A", @@ -260424,17 +260298,14 @@ "C10449A", "G11042T", "G11727A", - "C12616T", "C12789T", "C12815T", "C12880T", - "A13121T", "T13339C", "C14408T", "G15372T", "C15714T", "T15756A", - "C16332T", "G17334T", "C17410T", "A18163G", @@ -260488,6 +260359,7 @@ "A23063T", "T23075C", "G23222A", + "C23230A", "C23271T", "A23403G", "C23423T", @@ -260504,6 +260376,7 @@ "C25000T", "C25207T", "C25584T", + "A25948G", "C26060T", "C26270T", "G26529C", @@ -261417,7 +261290,7 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MC.15": [ + "MC.13": [ "C241T", "T670G", "C897A", @@ -261439,6 +261312,7 @@ "C10198T", "G10447A", "C10449A", + "C10681T", "G11042T", "G11727A", "C12616T", @@ -261467,7 +261341,6 @@ "T22032C", "C22033A", "A22034G", - "A22107G", "T22200G", "C22208T", "C22295A", @@ -261544,7 +261417,7 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MC.13": [ + "MC.1": [ "C241T", "T670G", "C897A", @@ -261566,7 +261439,6 @@ "C10198T", "G10447A", "C10449A", - "C10681T", "G11042T", "G11727A", "C12616T", @@ -261633,6 +261505,7 @@ "T23075C", "G23222A", "C23271T", + "C23277T", "A23403G", "C23423T", "C23525T", @@ -261671,11 +261544,12 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MC.1": [ + "MC.16": [ "C241T", "T670G", "C897A", "C2790T", + "G2890A", "C3037T", "G3431T", "T3565C", @@ -261759,7 +261633,6 @@ "T23075C", "G23222A", "C23271T", - "C23277T", "A23403G", "C23423T", "C23525T", @@ -261798,12 +261671,11 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MC.16": [ + "MC.2": [ "C241T", "T670G", "C897A", "C2790T", - "G2890A", "C3037T", "G3431T", "T3565C", @@ -261894,6 +261766,7 @@ "C23604G", "C23854A", "G23948T", + "G24095T", "C24378T", "A24424T", "T24469A", @@ -261925,7 +261798,7 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MC.2": [ + "MC.10": [ "C241T", "T670G", "C897A", @@ -261959,6 +261832,7 @@ "G15372T", "C15714T", "T15756A", + "C16332T", "G17334T", "C17410T", "A18163G", @@ -262020,7 +261894,133 @@ "C23604G", "C23854A", "G23948T", - "G24095T", + "C24378T", + "A24424T", + "T24469A", + "G24872T", + "C24990T", + "C25000T", + "C25207T", + "C25584T", + "C26060T", + "C26270T", + "G26529C", + "C26577G", + "A26610G", + "C26681T", + "G26709A", + "C26833T", + "C26858T", + "A27259C", + "G27382C", + "A27383T", + "T27384C", + "C27807T", + "T27810C", + "A28271T", + "C28311T", + "G28881A", + "G28882A", + "G28883C", + "C28958A", + "A29510C" + ], + "MC.15": [ + "C241T", + "T670G", + "C897A", + "C2790T", + "C3037T", + "G3431T", + "T3565C", + "G4184A", + "C4321T", + "A6183G", + "C7113T", + "A7842G", + "C8293T", + "G8393A", + "C9344T", + "A9424G", + "C9534T", + "C10029T", + "C10198T", + "G10447A", + "C10449A", + "G11042T", + "G11727A", + "C12616T", + "C12789T", + "C12815T", + "C12880T", + "A13121T", + "T13339C", + "C14408T", + "G15372T", + "C15714T", + "T15756A", + "G17334T", + "C17410T", + "A18163G", + "A18492G", + "C18894T", + "A19722G", + "C19955T", + "A20055G", + "C21618T", + "C21622T", + "G21624C", + "C21711T", + "G21941T", + "T22032C", + "C22033A", + "A22034G", + "A22107G", + "T22200G", + "C22208T", + "C22295A", + "C22353A", + "A22556G", + "G22577C", + "G22578A", + "A22629C", + "C22674T", + "T22679C", + "C22686T", + "A22688G", + "G22770A", + "G22775A", + "A22786C", + "G22813T", + "T22882G", + "G22895C", + "T22896A", + "G22898A", + "A22910G", + "C22916T", + "T22917G", + "T22926C", + "T22928C", + "T22942A", + "G22992A", + "C22995A", + "T23005A", + "G23012A", + "T23018C", + "T23019C", + "C23039G", + "A23055G", + "A23063T", + "T23075C", + "G23222A", + "C23271T", + "A23403G", + "C23423T", + "C23525T", + "T23599G", + "C23604G", + "C23854A", + "G23948T", "C24378T", "A24424T", "T24469A", @@ -266115,11 +266115,10 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MC.6": [ + "MC.2.1": [ "C241T", "T670G", "C897A", - "C2570T", "C2790T", "C3037T", "G3431T", @@ -266127,7 +266126,6 @@ "G4184A", "C4321T", "A6183G", - "G6536A", "C7113T", "A7842G", "C8293T", @@ -266169,6 +266167,7 @@ "A22034G", "T22200G", "C22208T", + "G22272A", "C22295A", "C22353A", "A22556G", @@ -266212,6 +266211,7 @@ "C23604G", "C23854A", "G23948T", + "G24095T", "C24378T", "A24424T", "T24469A", @@ -266243,10 +266243,11 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MC.2.1": [ + "MC.6": [ "C241T", "T670G", "C897A", + "C2570T", "C2790T", "C3037T", "G3431T", @@ -266254,6 +266255,7 @@ "G4184A", "C4321T", "A6183G", + "G6536A", "C7113T", "A7842G", "C8293T", @@ -266295,7 +266297,6 @@ "A22034G", "T22200G", "C22208T", - "G22272A", "C22295A", "C22353A", "A22556G", @@ -266339,7 +266340,6 @@ "C23604G", "C23854A", "G23948T", - "G24095T", "C24378T", "A24424T", "T24469A", @@ -269821,136 +269821,6 @@ "C28958A", "A29510C" ], - "MC.3": [ - "C241T", - "T670G", - "C897A", - "C2790T", - "C3037T", - "G3431T", - "T3565C", - "G4184A", - "C4321T", - "A6183G", - "C7113T", - "A7842G", - "C8293T", - "G8393A", - "C9344T", - "A9424G", - "C9534T", - "C9778T", - "C10029T", - "C10198T", - "G10447A", - "C10449A", - "G11042T", - "G11727A", - "C12616T", - "C12789T", - "C12815T", - "C12880T", - "A13121T", - "T13339C", - "C14408T", - "G15372T", - "C15714T", - "T15756A", - "G17334T", - "C17410T", - "G17679T", - "A18163G", - "A18492G", - "C18894T", - "A19722G", - "C19955T", - "A20055G", - "C21618T", - "C21622T", - "G21624C", - "C21711T", - "G21776A", - "G21941T", - "T22032C", - "C22033A", - "A22034G", - "T22200G", - "C22208T", - "C22295A", - "C22353A", - "A22556G", - "G22577C", - "G22578A", - "A22629C", - "C22674T", - "T22679C", - "C22686T", - "A22688G", - "G22770A", - "G22775A", - "A22786C", - "G22813T", - "T22882G", - "G22895C", - "T22896A", - "G22898A", - "A22910G", - "C22916T", - "T22917G", - "T22926C", - "T22928C", - "T22942A", - "G22992A", - "C22995A", - "T23005A", - "G23012A", - "T23018C", - "T23019C", - "C23039G", - "A23055G", - "A23063T", - "T23075C", - "G23222A", - "C23271T", - "A23403G", - "C23423T", - "C23525T", - "T23599G", - "C23604G", - "C23854A", - "G23948T", - "C24378T", - "A24424T", - "T24469A", - "G24872T", - "C24990T", - "C25000T", - "C25207T", - "C25584T", - "C26060T", - "C26270T", - "G26529C", - "C26577G", - "A26610G", - "C26681T", - "G26709A", - "C26833T", - "C26858T", - "A27259C", - "G27382C", - "A27383T", - "T27384C", - "C27807T", - "T27810C", - "A28271T", - "C28311T", - "T28516C", - "G28881A", - "G28882A", - "G28883C", - "C28958A", - "A29510C" - ], "MC.13.1": [ "C241T", "T670G", @@ -272370,6 +272240,136 @@ "C28958A", "A29510C" ], + "MC.3": [ + "C241T", + "T670G", + "C897A", + "C2790T", + "C3037T", + "G3431T", + "T3565C", + "G4184A", + "C4321T", + "A6183G", + "C7113T", + "A7842G", + "C8293T", + "G8393A", + "C9344T", + "A9424G", + "C9534T", + "C9778T", + "C10029T", + "C10198T", + "G10447A", + "C10449A", + "G11042T", + "G11727A", + "C12616T", + "C12789T", + "C12815T", + "C12880T", + "A13121T", + "T13339C", + "C14408T", + "G15372T", + "C15714T", + "T15756A", + "G17334T", + "C17410T", + "G17679T", + "A18163G", + "A18492G", + "C18894T", + "A19722G", + "C19955T", + "A20055G", + "C21618T", + "C21622T", + "G21624C", + "C21711T", + "G21776A", + "G21941T", + "T22032C", + "C22033A", + "A22034G", + "T22200G", + "C22208T", + "C22295A", + "C22353A", + "A22556G", + "G22577C", + "G22578A", + "A22629C", + "C22674T", + "T22679C", + "C22686T", + "A22688G", + "G22770A", + "G22775A", + "A22786C", + "G22813T", + "T22882G", + "G22895C", + "T22896A", + "G22898A", + "A22910G", + "C22916T", + "T22917G", + "T22926C", + "T22928C", + "T22942A", + "G22992A", + "C22995A", + "T23005A", + "G23012A", + "T23018C", + "T23019C", + "C23039G", + "A23055G", + "A23063T", + "T23075C", + "G23222A", + "C23271T", + "A23403G", + "C23423T", + "C23525T", + "T23599G", + "C23604G", + "C23854A", + "G23948T", + "C24378T", + "A24424T", + "T24469A", + "G24872T", + "C24990T", + "C25000T", + "C25207T", + "C25584T", + "C26060T", + "C26270T", + "G26529C", + "C26577G", + "A26610G", + "C26681T", + "G26709A", + "C26833T", + "C26858T", + "A27259C", + "G27382C", + "A27383T", + "T27384C", + "C27807T", + "T27810C", + "A28271T", + "C28311T", + "T28516C", + "G28881A", + "G28882A", + "G28883C", + "C28958A", + "A29510C" + ], "XDR": [ "C241T", "A405G", @@ -276162,7 +276162,7 @@ "G28883C", "A29510C" ], - 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