diff --git a/compute-stats.sh b/compute-stats.sh index d52d71b..2a10d55 100755 --- a/compute-stats.sh +++ b/compute-stats.sh @@ -10,8 +10,8 @@ set -e cortexmap=`jq -r '.cortexmap' config.json` lh_annot=`jq -r '.lh_annot' config.json` rh_annot=`jq -r '.rh_annot' config.json` -lh_white=`jq -r '.lh_surf' config.json` -rh_white=`jq -r '.rh_surf' config.json` +lh_white=`jq -r '.lh_white_surf' config.json` +rh_white=`jq -r '.rh_white_surf' config.json` aparc_to_use=`jq -r '.fsaparc' config.json` freesurfer=`jq -r '.freesurfer' config.json` @@ -45,7 +45,7 @@ for hemi in $hemispheres do echo "converting files for ${hemi}" parc=$(eval "echo \$${hemi}_annot") - white=$(eval "echo \$${hemi}_white")"/"${hemi}".white.gii" + white=$(eval "echo \$${hemi}_white") # check if white exists for i in ${white}