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Author: kamome1201

.github/workflows/csubst-smoke.yml

@@ -18,8 +18,8 @@ jobs:
       fail-fast: false
       matrix:
         os: [ubuntu-latest, macos-latest]
-        python: ['3.10']              # ← 3.10 に統一
-        install: [source]
+        python: ['3.10']
+        install: [source]   # bioconda は後で復活可
 
     steps:
       - name: Checkout
@@ -29,7 +29,6 @@ jobs:
         uses: mamba-org/setup-micromamba@v1
         with:
           environment-name: csubst-smoke
-          # まずは軽い環境（Python+pip）だけ作る
           create-args: >-
             python=${{ matrix.python }}
             pip
@@ -41,38 +40,34 @@ jobs:
           cache-environment: true
           cache-downloads: true
 
-      # 共通の実行時依存は conda でピン留め（NumPy 1.26 / Cython 0.29）
-      - name: Install runtime deps (common)
+      - name: Install runtime deps
         shell: bash -l {0}
         run: |
           micromamba install -y numpy=1.26.* cython=0.29.* iqtree
 
-      # ---- source ビルド ----
       - name: Install csubst (from source)
         if: matrix.install == 'source'
         shell: bash -l {0}
         run: |
           python -m pip install --upgrade pip
-          # 環境内の numpy/cython を使わせる
           pip install --no-build-isolation .
 
-      # ---- bioconda ----
-      - name: Install csubst (from Bioconda)
-        if: matrix.install == 'bioconda'
+      # --- Smoke ---
+      - name: Run smoke test
         shell: bash -l {0}
-        run: |
-          micromamba install -y csubst
+        run: bash ci/csubst_smoke.sh
 
-      - name: Run smoke test
+      # --- CLI tests ---
+      - name: Run CLI tests
         shell: bash -l {0}
-        run: |
-          bash ci/csubst_smoke.sh
+        run: bash ci/csubst_cli.sh
 
-      - name: Upload smoke logs (always)
+      - name: Upload artifacts (always)
         if: always()
         uses: actions/upload-artifact@v4
         with:
-          name: smoke-logs-${{ matrix.os }}-${{ matrix.install }}
-          path: $RUNNER_TEMP/csubst_smoke/_artifacts
+          name: smoke-and-cli-${{ matrix.os }}-${{ matrix.install }}
+          path: |
+            $RUNNER_TEMP/csubst_smoke/_artifacts*
           if-no-files-found: ignore
           retention-days: 7

ci/csubst_cli.sh

@@ -6,38 +6,35 @@ echo "== csubst CLI tests =="
 which csubst
 csubst --version || true
 
-# --- ヘルプが期待どおり出るか（主要サブコマンドと必須引数名） ---
+# --- ヘルプ（主要サブコマンド/引数の存在） ---
 csubst -h | head -n 20
 csubst -h | grep -E '\banalyze\b' >/dev/null
 csubst -h | grep -E '\bdataset\b' >/dev/null
 csubst analyze -h | grep -- '--alignment_file' >/dev/null
 csubst analyze -h | grep -- '--rooted_tree_file' >/dev/null
 csubst analyze -h | grep -- '--foreground' >/dev/null
 
-# 作業ディレクトリ（smoke と同じ場所を再利用）
+# 作業ディレクトリ（smoke と共用）
 WORKDIR="${RUNNER_TEMP:-$(mktemp -d)}/csubst_smoke"
 mkdir -p "$WORKDIR"
 cd "$WORKDIR"
 
-# 必要なら最小データを用意
+# 最小データが無ければ生成
 if [ ! -s alignment.fa ]; then
   csubst dataset --name PGK
 fi
 test -s alignment.fa && test -s tree.nwk && test -s foreground.txt
 
-# --- 異常系：存在しない入力で失敗すべき ---
+# --- 異常系：欠損入力で失敗すること ---
 set +e
 csubst analyze --alignment_file __NO_FILE__.fa \
   --rooted_tree_file tree.nwk --foreground foreground.txt --threads 1 >/dev/null 2>&1
 rc=$?
 set -e
-if [ $rc -eq 0 ]; then
-  echo "ERROR: 存在しない入力で analyze が成功してしまいました"; exit 1
-else
-  echo "OK: 異常系（欠損入力）は非0で失敗"
-fi
+[ $rc -ne 0 ] || { echo "ERROR: 欠損入力で成功してしまった"; exit 1; }
+echo "OK: 異常系で非0終了を確認"
 
-# --- 正常系(1)：既定モデル（ECM系） ---
+# --- 正常系(ECM系：デフォルト) ---
 rm -f alignment.fa.{iqtree,log,rate,state,treefile} || true
 env PYTHONOPTIMIZE=1 OMP_NUM_THREADS=1 csubst analyze \
   --alignment_file alignment.fa \
@@ -47,23 +44,22 @@ env PYTHONOPTIMIZE=1 OMP_NUM_THREADS=1 csubst analyze \
 
 shopt -s nullglob
 CB1=(csubst_cb_*.tsv)
-[ ${#CB1[@]} -ge 1 ] || { echo "ERROR: ECM 実行後に cb TSV がありません"; exit 1; }
-[ $(wc -l < "${CB1[0]}") -ge 2 ] || { echo "ERROR: cb TSV が空のようです"; exit 1; }
-grep $'\t' "${CB1[0]}" >/dev/null || { echo "ERROR: cb TSV がタブ区切りでない可能性"; exit 1; }
+[ ${#CB1[@]} -ge 1 ] || { echo "ERROR: ECM 実行後に cb TSV が無い"; exit 1; }
+[ $(wc -l < "${CB1[0]}") -ge 2 ] || { echo "ERROR: cb TSV が空"; exit 1; }
+grep $'\t' "${CB1[0]}" >/dev/null || { echo "ERROR: TSV がタブ区切りでない可能性"; exit 1; }
 
-# --- 正常系(2)：GY+F3x4+R2（別分岐も生存確認） ---
+# --- 正常系(GY系：別分岐) ---
 rm -f alignment.fa.{iqtree,log,rate,state,treefile} || true
 env PYTHONOPTIMIZE=1 OMP_NUM_THREADS=1 csubst analyze \
   --alignment_file alignment.fa \
   --rooted_tree_file tree.nwk \
   --foreground foreground.txt \
   --iqtree_model GY+F3x4+R2 \
   --threads 1
-
 CB2=(csubst_cb_*.tsv)
-[ ${#CB2[@]} -ge 1 ] || { echo "ERROR: GY 実行後に cb TSV がありません"; exit 1; }
+[ ${#CB2[@]} -ge 1 ] || { echo "ERROR: GY 実行後に cb TSV が無い"; exit 1; }
 
-# アーティファクト収集
+# アーティファクト収集（任意）
 ART="$WORKDIR/_artifacts_cli"
 mkdir -p "$ART"
 cp -v csubst_cb_*.tsv "$ART" 2>/dev/null || true