modified: csubst_commands.sh

Author: kamome1201

ci/csubst_commands.sh

@@ -60,55 +60,64 @@ if [ -z "${CBFILE}" ]; then
   echo "ERROR: cb テーブルが見つかりません（csubst_cb_*.tsv）"; exit 1
 fi
 
-# IQ-TREE 中間を消して site 側の再生成も確認
+# IQ-TREE 中間を消して site 側の再生成も確認（または再利用させる）
 rm -f alignment.fa.{iqtree,log,rate,state,treefile} || true
 
 MARKER=$(mktemp); sleep 1; touch "$MARKER"
 
+# ログを保存しつつ終了コードを保持
 set +e
 env PYTHONOPTIMIZE=1 OMP_NUM_THREADS=1 ${MPLBACKEND:+env MPLBACKEND=$MPLBACKEND} csubst site \
   --alignment_file alignment.fa \
   --rooted_tree_file tree.nwk \
   --cb_file "$CBFILE" \
   --branch_id fg \
-  --threads 1
-rc=$?
+  --threads 1 2>&1 | tee site.log
+rc=${PIPESTATUS[0]}
 set -e
 
-# fg が通らない時は cb テーブルから枝IDを抽出して再実行（念のため）
+# fg が通らない場合は cb から最初の枝IDを抽出して再実行
 if [ $rc -ne 0 ]; then
   echo "WARN: site --branch_id fg が失敗。cb テーブルから枝IDを抽出して再実行します"
-  combo="$(awk -F'\t' '
-    NR==1{
-      for(i=1;i<=NF;i++){if($i ~ /branch_?id/i || $i ~ /branches/i){col=i}}
-    }
-    NR==2 && col {print $col}
-  ' "$CBFILE")"
-  if [ -z "$combo" ]; then
-    combo="$(grep -Eho '^[[:space:]]*[0-9]+,[0-9]+' "$CBFILE" | head -n1 | tr -d '[:space:]')"
-  fi
+  combo="$(awk -F'\t' 'NR==1{for(i=1;i<=NF;i++){if($i ~ /branch_?id|branches/i) col=i}} NR==2 && col{print $col}' "$CBFILE")"
+  [ -n "$combo" ] || combo="$(grep -Eho '^[[:space:]]*[0-9]+,[0-9]+' "$CBFILE" | head -n1 | tr -d '[:space:]')"
   [ -n "$combo" ] || { echo "ERROR: cb テーブルから枝IDを取得できませんでした"; exit 1; }
 
+  set +e
   env PYTHONOPTIMIZE=1 OMP_NUM_THREADS=1 ${MPLBACKEND:+env MPLBACKEND=$MPLBACKEND} csubst site \
     --alignment_file alignment.fa \
     --rooted_tree_file tree.nwk \
     --branch_id "$combo" \
-    --threads 1
+    --threads 1 2>&1 | tee site.log
+  rc=${PIPESTATUS[0]}
+  set -e
 fi
 
-# ---- 成功判定：TSV は必須にしない ----
-# 1) IQ-TREE の中間が生成されていること
-test -s alignment.fa.state
-test -s alignment.fa.rate
+[ $rc -eq 0 ] || { echo "ERROR: csubst site が非0終了"; exit 1; }
+
+# ---- 成功判定：ログ＋中間ファイル（.mmap を必須にしない） ----
+grep -E "csubst site end|Generating memory map" site.log >/dev/null || {
+  echo "ERROR: site.log に実行完了の痕跡がありません"; exit 1; }
 
-# 2) サイトテンソルのメモリマップが生成されていること（N/S どちらかで可）
-MMAPS=($(ls -1 tmp.csubst.sub_tensor.*.mmap 2>/dev/null || true))
-[ ${#MMAPS[@]} -ge 1 ] || { echo "ERROR: site 実行で .mmap が見つかりません"; exit 1; }
+# IQ-TREEの中間が直近でできていること（少なくとも state/rate）
+test -s alignment.fa.state && test -s alignment.fa.rate || {
+  echo "ERROR: alignment.fa.state / .rate が見つかりません"; exit 1; }
+# 実行後に更新されたかを軽く確認（無理ならスキップしてOK）
+if [ -n "$(find . -maxdepth 1 -name 'alignment.fa.state' -newer "$MARKER" -print -quit)" ]; then
+  echo "OK: site 再計算で state/rate を生成/更新"
+else
+  echo "NOTE: site は既存の IQ-TREE 中間を再利用した可能性があります"
+fi
 
-# 3) もし TSV が出来ていればログに出す（必須ではない）
+# もし TSV が出来ていれば記録（必須にしない）
 SITE_TSV=($(find . -maxdepth 1 -type f -name "csubst_site*.tsv" -newer "$MARKER" -print))
 [ ${#SITE_TSV[@]} -ge 1 ] && echo "NOTE: site TSV: ${SITE_TSV[*]}"
 
-echo "OK: site generated IQ-TREE intermediates and site tensor mmap(s): ${MMAPS[*]}"
+# アーティファクト収集に site.log も追加
+ART="$WORKDIR/_artifacts_cmd"
+mkdir -p "$ART"
+cp -v site.log "$ART" || true
+
+echo "OK: site finished (verified by logs and IQ-TREE intermediates)"
 
 echo "Command tests OK"