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本项目的目标是整理一个医学影像方向数据集的列表,提供每个数据集的基本信息,并在License允许的前提下提供不限速下载 。如果您想使用的数据集不在列表中我们可以提供免费代下 。项目按照数据集模态或关注的器官分类。当前共收录约 20 个方向的 80+ 个数据集
医学影像数据集众多多且专业性强,众人拾柴火焰高!如果您使用过列表中没有的数据集,或发现列表中的信息有任何疏漏,我们非常希望您可以参与项目建设 。
联系维护者:[email protected] 微信 linhandev
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LiTS数据集包含131组训练扫描和70组测试扫描,其中70组测试数据标签不公开。LiTS训练集中包含3DIRCADB 中的所有数据,所以不要合并这两个数据集。Medical Segmentation Decathlon中肝脏分割的数据集就是LiTS。
分割结果可以在线提交进行评估,在线提交方法参考 。 在线提交地址
数据集论文:The Liver Tumor Segmentation Benchmark (LiTS)
相关项目: 基于Paddle的肝脏CT影像分割
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
Sliver07
肝脏
分割
CT
20+10
0/1标签
MetaImage
Other
这个数据集比较老了,现在用的也比较少,一些研究会将sliver和lits合起来,这样基本上就是所有常用的关于肝脏分割的公开数据了。mhd格式可以用 SimpleITK 读,在medseg项目中有转换成nii的脚本
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
3D-IRCADb 01 02
肝脏/肝肿瘤
分割
CT
20+2
surface mesh
dcm
CC
3D-IRCADb是比较早的一个数据集,有两个子集,分别包含20组和2组CT片子。
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
CHAOS
肝/肾/脾
分割
CT+MRI
40CT+120MRI
0/1标签
dcm
CC 4.0
CHAOS是一个多脏器,多模态分割数据集。
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
TCGA-LIHC
肝
CT/MR/PT
97患者/237套
无标签
dcm
Other
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
LoLa11
None
分割
CT
55
None
Metaimage
Other
LoLa11 包含55套CT数据,未发现任何公开标注信息
zenodo下载
介绍论文: CheXpert: A Large Chest Radiograph Dataset with Uncertainty Labels and Expert Comparison
相关项目
介绍论文: ChestX-ray8: Hospital-scale Chest X-ray Database and Benchmarks on Weakly-Supervised Classification and Localization of Common Thorax Diseases
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
4D-Lung
非小細胞癌
CT
20
dcm
Other
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Shenzhen Hospital X-ray Set
深圳第三医院收集的肺结核胸透数据集,包含326张正常扫描和336张不正常的扫描。
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Montgomery County X-ray Set
蒙哥马利市收集的肺结核胸透数据集,包含80张正常的扫描和58张不正常的扫描。
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
Ieee8023
肺脏
分类
CT
20
nii
持续搜集公开的新冠CT扫描,目前有20个病例。
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数据来自Ieee8023,对20组扫描进行了左右肺和感染区的标注。基于这个数据集和另外几个数据集,大佬们做了一个新冠分割的 benchmark
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
COVID-CT
分类
CT
349
图片
包含216名新冠患者的349张胸部CT图片,从相关paper中收集。
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Figure1-COVID-chestxray-dataset
DarwinAI收集的一些新冠CT的图片,是CovidX数据集的一部分。持续更新,使用前可以先pull。
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
RSNA肺炎检测
是否肺炎 肺炎区域BB
分类 检测
CXR
26684+3000
图片
Custom
北美放射学会在Kaggle上组织的一个比赛数据集,数据来自NIH 。包含26684张训练数据,有图片的分类和肺炎区域的边界框。
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
CovidX
新冠/其他肺炎/正常
分类
CT
13569+231
图片
CovidX数据集是DarwinAI训练CovidNet 做的一个数据集,本身没有新的数据,是Ieee8023,Figure1和RSNA组合成的一个数据集。
Flyai举办的一个新冠分类比赛。
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covid19-radiography-database
跟CovidX一样是一个组合数据集,数据来自论文图片和RSNA。
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Chest Imaging with Clinical and Genomic Correlates Representing a Rural COVID-19 Positive Population (COVID-19-AR)
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相关论文:
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
LIDC-IDRI
肺部肿瘤
目标检测
CT
1012
xls
dcm
介绍论文: The Lung Image Database Consortium (LIDC) and Image Database Resource Initiative (IDRI): A Completed Reference Database of Lung Nodules on CT Scans
The public cancer radiology imaging collections of The Cancer Imaging Archive
Aistudio下载 Part1 Part2
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
LUNA16
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
天池肺部结节
肺部结节
检测
低剂量肺部CT
1000(初赛) + 2000(复赛)
位置+直径
mhd
Custom
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
LNDB
直径大于3mm的肿瘤分割标注/小于3mm肿瘤和非肿瘤标记中心
分割/分类
CT
294
XML
MetaImage
介绍论文: LNDb: A Lung Nodule Database on Computed Tomography
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SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
CBIS-DDSM
正常/良性/恶性
分类
CT
2620
介绍论文: Deep Learning to Improve Breast Cancer Early Detection on Screening Mammography A curated mammography data set for use in computer-aided detection and diagnosis research
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
QIN Breast 01 02
MRI
67
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
ABIDE
是否有自闭症
分类
MRI
539+573
自闭症患者的头部MRI扫描,包含539例自闭症患者和573个正常扫描对照组。 介绍论文: The autism brain imaging data exchange: towards a large-scale evaluation of the intrinsic brain architecture in autism.
下载地址
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
ADNI
介绍论文: Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI)
介绍论文:Development and Validation of Deep Learning Algorithms for Detection of Critical Findings in Head CT Scans
RSNA Intracranial Hemorrhage Detection
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
Kits19
肾脏/肾肿瘤
分割
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包含没有结肠息肉,有6-9mm息肉和大于10mm息肉的数据。
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
EchoNet
心脏
分割
MRI
10300
0/1
介绍论文: EchoNet-Dynamic: a Large New Cardiac Motion Video Data Resource for Medical Machine Learning
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
MMWHS
心脏
分割
CT / MRI
20CT、20MRI
类别
nii
mmwhs是心脏分割数据集,共有8类,MRI和CT两种模态 相关项目: Hybrid Loss Guided Convolutional Networks for Whole Heart Parsing
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Grand Challenge下载
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
DRIVE
眼底血管
分割
眼底照片
40
0/1
图片
DRIVE数据集是一个糖尿病病人眼底血管分割数据集。
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
ODIR-5k
正常和7种疾病
分类
眼底彩色照片
5000
图片
ODIR-5K包括5000名患者的年龄,双眼的彩色眼底照片和医生的诊断关键词。该数据集是上工医疗技术有限公司从中国不同医院/医疗中心收集的“真实”患者信息。在这些机构中,眼底图像由市场上的各种相机捕获,例如Canon,Zeiss和Kowa,因此导致各种各样的图像分辨率。病人的识别信息会被移除。注释由经过培训的人类读者进行标记,并具有质量控制管理。患者分为8个标签,包括正常(N),糖尿病(D),青光眼(G),白内障(C),AMD(A),高血压(H),近视(M)和其他疾病/异常(O)。
FIRE 是一个视网膜眼底图像数据集,包含 129张 眼底视网膜图像,由不同特征组合成 134对 图像组合。这些图像组合根据特质被划分为3类。眼底图像由 Nidek AFC-210 眼底照相机采集,分辨率为2912x2912,视觉仰角为40度。图像由 Papageorgiou Hospital 医院和Aristotle University of Thessaloniki大学共同构建,由于Thessaloniki 大学采集自39名患者。. 数据包括以下几部分内容: 1.成对的视网膜图像。 2.彩色ROI掩模(作为二值图像)。 3.特征ROI掩模(作为二值图像)。 4.每个图像对应的标注点。
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
STARE
眼底血管
分割
眼底照片
400
照片
照片
无
STructured Analysis of the Retina数据集包含400张眼底照片,作者团队对这些数据进行了多种诊断,并对部分数据的血管进行了标注
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
CHASE_DB1
眼底血管
分割
眼底照片
28
png
png
无
Kinston大学公开的一个小规模眼底分割数据集,包含28张眼底照片及对应的分割标签。
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
IDRiD
常见DR病灶、视盘、DR病变等级等
分类、检测、分割
眼底照片
*
tif/csv
jpg
CC BY 4.0
Indian Diabetic Retinopathy Image Dataset (IDRiD)
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
PANDA
前列腺癌分级
镜检图片
10616张镜检
分类
tiff
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QIN-PROSTATE-Repeatability
Aistudio下载
Aistudio下载
Aistudio下载
SIIM-ISIC Melanoma Classification
目前最大的皮肤镜图像集合,用来在皮肤病变图像中之别黑色素瘤,图片以DICOM格式提供,同时包含图像元数据,有的图像也以JPEG和TFRecord格式提供,TFRecords格式的图像已被调整为统一的1024x1024
细胞核分割数据集
介绍论文: Nucleus segmentation across imaging experiments: the 2018 Data Science Bowl
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
血细胞涂片分类
四种血细胞类型
分类
镜检
12500
-
图片
血细胞分类数据集包含12500张四种血细胞的照片。图片是从大的血细胞涂片照片上截下来的,数据集经过增广。图片都很小,训练时注意IO瓶颈。
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
ISBI细胞跟踪
细胞像素级别位置
跟踪
镜检
图片
在镜检视频中像素级跟踪细胞位置
Aistudio下载 2D+Time Datasets
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
BCNB
乳腺癌肿瘤
分类
1058
excel
JPG Excel
Custom
Early Breast Cancer Core-Needle Biopsy WSI (BCNB) Dataset,早期乳腺癌患者的穿刺活检WSI。在早期乳腺癌患者的病理WSI中,标注了部分的肿瘤区域,并提供了一些临床信息(age, tumor size, tumor type, ER, PR, HER2, HER2 expression, histological grading, surgical, Ki67, molecular subtype, number of lymph node metastases, label)
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
MURA-1.1
正常/非正常
分类
x-ray
40561
介绍论文: MURA: Large Dataset for Abnormality Detection in Musculoskeletal Radiographs
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
MRNet
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
PathVQA
图片
4998图片/32799问答
图片
介绍论文: PathVQA: 30000+ Questions for Medical Visual Question Answering
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名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
SARAS-ESAD
21种手术动作
静态背景动作识别
内窥镜
22,601(训练)+4,574(测试)
图片
BB
CC BY-NC-SA
名称
标注内容
类型
模态
数量
标签格式
文件格式
License
TUH EEG信号
癫痫类别
分类
心电图
发作数 2377
癫痫发作类别
edf
can be used for both research and commercialization purposes
如果您对医学影像技术感兴趣,欢迎加入医学影像技术交流群 365213556 ,与更多大佬一起交流,共同进步!
TCIA :The Cancer Imaging Archive
MedPix 包含超过12000名患者和59000张影像
Belarus tuberculosis portal 包含结核病人的CT,胸透和检验数据
Grand Challenges
LONI 神经相关医学影像
TUH EEG Temple大学脑电波公开数据库,包含超过4T数据
医学影像分割挑战
胸部\肺部ct数据集
adalca
beamandrew
Stanford ML Group
omic tools
各领域公开数据集
medical-imaging-datasets
Open-Access Medical Image Repositories
Medical Image Datasets Download Links
HAM10000 dataset
Dermatology Image Classification
havard
usc
burkely
isdis
radiopedia
aimi
(按照首次贡献时间排序)
多语言代码生成器 Mail : [email protected]
自尊心3
底迪
ChenchenHu007
lixinhui541
吖吖查
parap1uie-s
Jianpeng Zhao
Amandalala
2021/5/21 开始添加数据集图片,接受多次外部贡献,对存量数据集进行合规检查,数据集总量达到71
2020/11/20 添加Issue模板,鼓励外部贡献,数据集数量达到67
2020/11/8 在Github发布,整理格式,添加多个数据集
2020/6/11 添加LIDC-IDIR,编写数据压缩脚本
2020/6/4 添加MMWHS心脏分割数据集,SIIM皮肤病分类比赛数据集
2020/5/27 添加ISBI细胞分割,TCGA-LIHC肝脏,4D-Lung肺部数据集,围绕乳腺癌添加一系列数据集
2020/5/20 项目添加数据集计数和release note,数据集方面添加 RSNA骨龄,PathVQA,FIRE视网膜,DDSM乳腺癌等数据集
2020/5/13 项目在Aistudio公开,包含约40个数据集