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# . -------------------------------------------------------------------------- =============
# 0 - Objectifs ====
# . -------------------------------------------------------------------------- =============
# Le script a pour objectif de lancer l'actualisation des données/indicateurs du SRADDET
# . -------------------------------------------------------------------------- =============
# 1 - Librairie et fonction ====
# . -------------------------------------------------------------------------- =============
# liste des packages R utilisé
pkgs <- c("RPostgreSQL", "DBI","dplyr","tidyverse","lubridate","stringr", "readr", "sf")
if (length(setdiff(pkgs, rownames(installed.packages()))) > 0) {
# installation des packages
install.packages(setdiff(pkgs, rownames(installed.packages())))
}
# chargement des packages
lapply(pkgs, library, character.only = TRUE)
rm(pkgs)
## chargement du script qui permet de calculer l'indicateur de connaissance
getwd() %>% ## prise du chemin de dossier actuelle
paste0("/2_calcul_indicateur_connaissance.R") %>% ## indication du nom du fichier
source() ## lecture du fichier
# . -------------------------------------------------------------------------- =============
# 2 - Connexion BDD postGIS ====
# . -------------------------------------------------------------------------- =============
## Connexion a la base de donnée LPO AURA
getwd() %>% ## prise du chemin de dossier actuelle
paste0("/0_connexion_bdd.R") %>% ## indication du nom du fichier
source() ## lecture du fichier
# . -------------------------------------------------------------------------- =============
# 3 - Test présences VM synthèses ====
# . -------------------------------------------------------------------------- =============
## 3.1 création du schémas et des vues en cas de non existance ====
# test existance du schéma orb_indicateurs
src_survey_present <- dbListObjects(con_gn_orb) %>%
mutate(test = str_detect(table, "orb_indicateurs") ) %>%
filter(test == TRUE) %>%
nrow()
if(src_survey_present == 0){
## création du schémas
dbSendQuery(con_gn_orb, "CREATE SCHEMA IF NOT EXISTS orb_indicateurs;")
## création des vues matérialisées
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_maille.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_general.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_pole.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_taxo.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_general_geom.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_pole_geom.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_taxo_geom.sql")))
calcul_ind_connaissance(1)
calcul_ind_connaissance(2)
calcul_ind_connaissance(3)
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_lrr_general.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_lrr_pole.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_lrr_taxo.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_esp_lrr.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_meta_fournisseur.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_meta_producteur.sql")))
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_reserve_naturel.sql")))
}
## recuperation de l'ensemble des views dans le schéma
info_schema <- dbGetQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/return_info_schema.sql")))
# . -------------------------------------------------------------------------- =============
# 4 - rafraichissement des données ========
# . -------------------------------------------------------------------------- =============
## création des vues de maille
if("maille_reg" %in% info_schema$nom ){} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_maille.sql")))
}
#### 4..1 - chiffres généraux ====
## vue des chiffres globales sur l'ensembles de la région
## déclinaison générale
if("mv_sraddet_ind" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_general.sql")))
}
## déclinaison par pole
if("mv_sraddet_ind_pole" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_pole")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_pole.sql")))
}
## déclinaison par groupe taxonomique
if("mv_sraddet_taxo" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_taxo")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_taxo.sql")))
}
#### 4..2 - chiffres généraux par maille ====
## vue des chiffres globales pour chaque maille de 5km sur l'ensembles de la région
## déclinaison générale
if("mv_sraddet_ind_geom" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_geom")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_general_geom.sql")))
}
## déclinaison par pole
if("mv_sraddet_ind_pole_geom" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_pole_geom")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_pole_geom.sql")))
}
## déclinaison par groupe taxonomique
if("mv_sraddet_ind_taxo_geom" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_taxo_geom")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_taxo_geom.sql")))
}
#### 4..3 - Indicateur connaissance ====
## table de l'indicateur de connaissances
## déclinaison générale
calcul_ind_connaissance(1)
## déclinaison par pole
calcul_ind_connaissance(2)
## déclinaison par groupe taxonomique
calcul_ind_connaissance(3)
#### 4..4 - Liste rouge ====
## vm indicateur d'état :listes rouges régionales :
## déclinaison générale
if("mv_sraddet_ind_lrr_general" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_lrr_general")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_lrr_general.sql")))
}
## déclinaison par pole
if("mv_sraddet_ind_lrr_pole" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_lrr_pole")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_lrr_pole.sql")))
}
## déclinaison par groupe taxonomique
if("mv_sraddet_ind_lrr_taxo" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_lrr_taxo")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_lrr_taxo.sql")))
}
## vm indicateur des connaissance nb_esp qui ont une listes rouges régionales :
## déclinaison par groupe taxonomique
if("mv_sraddet_ind_esp_lrr" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_esp_lrr")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_esp_lrr.sql")))
}
#### 4..5 - Sources des données ====
## vm indicateur sur la variété de sources de jeu de données (producteurs et fournisseurs des données)
## déclinaison par groupe taxonomique
if("mv_sraddet_ind_meta_fournisseur" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_meta_fournisseur")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_meta_fournisseur.sql")))
}
## déclinaison par groupe taxonomique
if("mv_sraddet_ind_meta_producteur" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_meta_producteur")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_meta_producteur.sql")))
}
#### 4..6 - Espaces naturels ====
## vm indicateur la couverture d'espaces naturels
if("mv_sraddet_ind_surf_reserve" %in% info_schema$nom ){
dbSendQuery(con_gn_orb,"REFRESH MATERIALIZED view orb_indicateurs.mv_sraddet_ind_surf_reserve")
} else {
dbSendQuery(con_gn_orb, read_file(paste0(getwd(),"/requete_sql/sraddet_ind_reserve_naturel.sql")))
}