lauffähige Konfiguration bereitstellen (toml-Dateien)

[SebStaeubert]

Betrifft sowohl die Standard-toml Dateien, wie z.B. R-cds2db/cds2db_config.toml, aber auch die Beispiel-toml Dateien, wie z.B. R-cds2db/cds2db_config_example.toml.

Bitte toml-Dateien aller Module prüfen!

[SebStaeubert]

Die aktuellen toml-Dateien führen zu den folgenden Problemen:

cds2db läuft mit der / den ausgelieferten toml Dateien läuft nicht durch.

Setup:

INTERPOLAR-Repo (main) ausgecheckt
Passwörter konfiguriert
docker compose up
manueller DB-Init
R-cds2db/StartRetrieval.R ausgeführt
Fehlermeldung (Ausschnitt):

1:
2: Error in checkError(potencial_error = process_result, expr_ok = { : \n Error in eval(jsub, SDenv, parent.frame()) : \n object 'patient_id' not found\n\n
3:
4: Error in checkError(potencial_error = process_result, expr_ok = { : \n Error in eval(jsub, SDenv, parent.frame()) : \n object 'patient_id' not found\n\n
Erwartetes Verhalten:

fehlerfreier Durchlauf und Import von Polar Testpatienten (ggf. erst durch Einkommentieren der Debug-Konfig)