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The translated material may be incomplete or incorrect.
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We plan to update the translations later this year.
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In the meantime, please try to work through the English-language material if you can.
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## Documentation Nextflow
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Même les développeurs les plus compétents ont besoin de documentation.
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Nextflow n'est pas différent et dispose d'une excellente documentation.
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Vous pouvez trouver les documents de Nextflow à l'adresse suivante : <https://nextflow.io/docs/latest/> - nous vous recommandons de les garder ouverts dans un onglet pendant que vous suivez la formation !
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## Slack
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Nextflow dispose d'une excellente [documentation](https://nextflow.io/docs/latest/), qui constitue votre première ressource dès que vous rencontrez quelque chose que vous ne comprenez pas ou si vous souhaitez en savoir plus. Vous pouvez parcourir les différents sujets ou rechercher des termes spécifiques.
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Si vous avez des difficultés avec la formation, n'hésitez pas à demander de l'aide.
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Notre formidable communauté est l'une des grandes forces de Nextflow !
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## Forum communautaire
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Il existe deux instances Slack :
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Si vous éprouvez des difficultés, n’hésitez pas à demander de l’aide. Notre formidable communauté est l’un des grands atouts de Nextflow !
Le [forum communautaire de Seqera](https://community.seqera.io) est un excellent endroit pour poser des questions sur Nextflow. C’est aussi une très bonne ressource pour trouver des réponses à des questions qui ont déjà été posées !
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En général, le slack Nextflow est le meilleur car il s'adresse à l'ensemble de la communauté.
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La seule exception est si vous suivez la formation dans le cadre d'un atelier organisé par nf-core, auquel cas on vous aura indiqué où poser vos questions.
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Si vous ne trouvez pas de solution à votre problème, connectez-vous simplement et cliquez sur le bouton « Nouveau sujet » pour publier votre question dans la catégorie [Ask for Help](https://community.seqera.io/c/help/37). N’hésitez pas à ajouter des tags que vous jugez pertinents, car ils peuvent aider notre équipe et vos pairs à repérer et à répondre plus facilement à votre question.
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## Demandez aux professionnels
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## Support professionnel
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Nextflow est un logiciel libre et gratuit, développé par [Seqera](https://seqera.io/).
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Seqera offre un service de support professionnel pour Nextflow et les produits associés, ainsi que des sessions de formation sur mesure.
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Nextflow est un logiciel libre et open source développé par [Seqera](https://seqera.io/), une entreprise dont le siège est en Espagne et qui possède des bureaux secondaires au Royaume-Uni et aux États-Unis.
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Si cela vous intéresse, veuillez [Prendre contact](https://seqera.io/demo/).
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Seqera propose des services de support professionnel pour Nextflow et les produits associés, y compris des sessions de formation sur mesure. Si cela vous intéresse, n’hésitez pas à [nous contacter](https://seqera.io/demo/).
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Nextflow has an excellent set of [docs](https://nextflow.io/docs/latest/), which should be your first destination whenever you run into something you don't understand or want to learn more about. You can browse topics or search for specific terms.
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## community.seqera.io
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## Community forum
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If you're struggling with the training, please don't hesitate to reach out for help. Our amazing community is one of the great strengths of Nextflow!
description: Bienvenue sur le portail de formation de la communauté Nextflow!
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description: Bienvenue sur le portail de formation de la communauté Nextflow!
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Bienvenue sur le portail de formation de la communauté Nextflow !
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Ces supports de formation sont libres et gratuits pour tout le monde.
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Ils sont hébergés dans un [repositoire GitHub](https://github.com/nextflow-io/training) avec des scripts d'exemple et une configuration de développement.
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Nous proposons plusieurs formations distinctes sur ce site. Faites défiler vers le bas pour trouver celle qui vous convient!
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Bien que vous puissiez suivre le matériel à tout moment, vous en tirerez probablement le meilleur parti en participant à un événement de formation organisé.
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Des événements gratuits en ligne sont organisés régulièrement avec la communauté nf-core, voir la [page des événements nf-core](https://nf-co.re/events) pour en savoir plus.
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Les formations listées ci-dessous sont conçues comme des ressources en libre-service ; vous pouvez les suivre à votre rythme (voir la section "Configuration de l’environnement" pour les détails pratiques). Vous pouvez toutefois en tirer encore plus profit en participant à une session de formation en groupe.
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[](https://codespaces.new/nextflow-io/training?quickstart=1&ref=master)
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- Des événements en ligne gratuits sont régulièrement organisés par la communauté nf-core. Consultez la [page des événements nf-core](https://nf-co.re/events) pour en savoir plus.
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- Seqera (l'entreprise qui développe Nextflow) propose divers événements de formation. Consultez la page [Événements Seqera](https://seqera.io/events/) pour trouver les "Seqera Sessions" et les "Nextflow Summit".
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- Notre équipe communautaire organise également régulièrement des formations via des organisations partenaires ; les annonces et inscriptions sont généralement gérées par ces dernières.
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!!! warning
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Quand vous êtes prêt·e à commencer, cliquez sur le bouton "Open in GitHub Codespaces" (présent sur cette page ou sur la page d’accueil de la formation choisie) pour ouvrir un environnement de formation en ligne (nécessite un compte GitHub gratuit).
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[](https://codespaces.new/nextflow-io/training?quickstart=1&ref=master)
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## Ateliers disponibles
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## Configuration de l’environnement de formation
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Plusieurs ateliers sont disponibles sur ce site.
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Trouvez celui qui vous convient le mieux :
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!!! exercise "Environment Setup"
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!!! exercise "Atelier de formation de base Nextflow"
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!!! tip inline end ""
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:material-laptop:{.nextflow-primary} Configurez votre environnement pour la première fois.
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Instructions pour configurer votre environnement afin de suivre les formations (tous les cours). Introduction à GitHub Codespaces et alternatives pour une installation locale.
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[Commencer la formation sur la configuration de l’environnement :material-arrow-right:](envsetup/index.md){ .md-button .md-button--primary }
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## Nextflow pour les débutant·es
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Ces cours de base, indépendants du domaine, s’adressent à celles et ceux qui découvrent totalement Nextflow. Chaque cours est constitué de modules conçus pour développer les compétences progressivement.
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!!! exercise "Hello Nextflow"
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!!! tip inline end ""
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:material-run-fast:{.nextflow-primary} Apprenez à développer des pipelines avec Nextflow.
Ce cours s’adresse aux débutant·es qui souhaitent apprendre à développer leurs propres pipelines. Il couvre les composants essentiels du langage Nextflow afin de permettre la création de pipelines simples mais fonctionnels. Il inclut également des éléments clés de conception, développement et configuration.
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[Commencer la formation Hello Nextflow :material-arrow-right:](hello_nextflow/index.md){ .md-button .md-button--primary }
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!!! exercise "Hello nf-core"
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!!! tip inline end ""
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:material-run-fast:{.nextflow-primary} Apprenez à développer des pipelines compatibles nf-core.
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+
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+
Ce cours s’adresse aux débutant·es souhaitant apprendre à utiliser et développer des pipelines conformes à [nf-core](https://nf-co.re/). Il présente la structure des pipelines nf-core et les bonnes pratiques de développement.
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+
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+
[Commencer la formation Hello nf-core :material-arrow-right:](hello_nf-core/index.md){ .md-button .md-button--primary }
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!!! info ""
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**À venir :** "Nextflow Run" — Apprenez à exécuter des pipelines Nextflow (exécution uniquement, sans développement)
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<!-- COMMENTÉ EN ATTENTE DE DISPONIBILITÉ
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!!! exercise "Nextflow Run"
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!!! tip inline end ""
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:material-run-fast:{.nextflow-primary} Apprenez à exécuter des pipelines Nextflow.
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Ce cours s’adresse aux débutant·es qui souhaitent apprendre à exécuter des pipelines existants. Il couvre les bases du langage Nextflow, la configuration et l’exécution depuis le terminal. Il présente également des éléments de l’écosystème Nextflow, y compris le projet nf-core et la plateforme Seqera.
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[Commencer la formation Nextflow Run :material-arrow-right:](nextflow_run/index.md){ .md-button .md-button--primary }
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-->
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## Nextflow pour la science
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Ces cours montrent comment appliquer les concepts du cours "Hello Nextflow" à des cas d’usage scientifiques spécifiques.
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!!! exercise "Nextflow for Genomics"
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!!! tip inline end ""
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:material-dna:{.nextflow-primary} Apprenez à développer un pipeline de génomique avec Nextflow.
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Ce cours s’adresse aux chercheur·euses souhaitant créer leurs propres pipelines de génomique. Il utilise un exemple d’appel de variants pour illustrer la création d’un pipeline simple mais fonctionnel.
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[Commencer la formation pour la génomique :material-arrow-right:](nf4_science/genomics/){ .md-button .md-button--primary }
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!!! exercise "Nextflow for RNAseq"
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!!! tip inline end ""
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:material-flask:{.nextflow-primary} Apprenez à développer un pipeline RNAseq avec Nextflow.
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Ce cours s’adresse aux chercheur·euses souhaitant créer des pipelines RNAseq. Il utilise un cas d’analyse de bulk RNAseq pour démontrer le développement d’un pipeline fonctionnel.
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+
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[Commencer la formation RNAseq :material-arrow-right:](nf4_science/rnaseq/){ .md-button .md-button--primary }
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+
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+
Faites-nous savoir quels autres domaines ou cas d’usage vous aimeriez voir couverts en postant sur la [section Formation](https://community.seqera.io/c/training/) du forum de la communauté.
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## Formation approfondie Nextflow
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Ces cours montrent comment utiliser les fonctionnalités de Nextflow de manière plus détaillée ou à un niveau plus avancé. Chaque cours est composé d’un ou plusieurs modules conçus pour aider les apprenant·es à perfectionner leurs compétences sur les sujets correspondants.
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!!! exercise "Quêtes secondaires"
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!!! tip inline end ""
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:material-lightbulb: Il s'agit du principal matériel de formation Nextflow utilisé dans la plupart des formations Nextflow et nf-core.
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:material-compass:{.nextflow-primary} Modules de formation sur divers sujets d’intérêt.
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+
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Ce cours s’adresse aux développeur·euses Nextflow souhaitant élargir leur champ de compétences et/ou approfondir leurs connaissances. Bien que les modules soient présentés de manière linéaire, les apprenant·es peuvent les suivre dans n’importe quel ordre. Toute dépendance à des composants ou compétences dépassant le cadre du cours "Hello Nextflow" est indiquée dans l’introduction du module concerné.
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[Commencer la formation Quêtes secondaires :material-arrow-right:](side_quests/){ .md-button .md-button--primary }
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!!! exercise "Formation Fondamentaux"
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!!! quote inline end ""
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:octicons-mortar-board-16:{.nextflow-primary} Matériel de formation complet pour explorer l’ensemble des fonctionnalités de Nextflow.
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Formation de base pour tout ce qui concerne Nextflow. Parfaite pour toute personne souhaitant se familiariser avec l'utilisation de Nextflow pour effectuer des analyses et construire des workflows.
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Le cours sur les fondamentaux couvre tous les aspects de Nextflow. Il est conçu comme une ressource de référence pour toute personne souhaitant construire des workflows complexes avec Nextflow.
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[Démarrer l'atelier de formation Nextflow :material-arrow-right:](basic_training/index.md){ .md-button .md-button--primary }
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[Commencer la formation Fondamentaux :material-arrow-right:](basic_training/index.md){ .md-button .md-button--primary }
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!!! exercise "Formation pratique"
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!!! exercise "Formation Avancée"
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!!! quote inline end ""
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:material-run-fast: Ce cours est assez court et pratique, idéal si vous souhaitez mettre en pratique vos compétences Nextflow.
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:fontawesome-solid-hat-wizard:{.nextflow-primary} Matériel de formation avancé pour maîtriser Nextflow.
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Ce cours approfondit les fonctionnalités les plus avancées du langage et de l’environnement d’exécution Nextflow, et explique comment les utiliser pour créer des workflows efficaces, évolutifs et adaptés aux traitements intensifs de données.
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[Commencer la formation Avancée :material-arrow-right:](advanced/index.md){ .md-button .md-button--primary }
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## Autres / Expérimental
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Ce sont des formations qui ne sont plus activement dispensées ou maintenues et que nous pourrions réutiliser ailleurs ou supprimer dans un avenir proche.
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Les supports correspondants ne sont pas disponibles dans l’environnement de formation.
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Vous pouvez toutefois les retrouver dans le dépôt GitHub et les télécharger pour une utilisation locale.
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-**nf-customize** — Configuration des pipelines nf-core ([docs](other/nf_customize) / [code](https://github.com/nextflow-io/training/tree/master/other/nf-customize))
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Un didacticiel "learn by doing" qui met moins l'accent sur la théorie et propose plutôt des exercices d'une complexité croissante.
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-**troubleshoot** — Exercices de dépannage ([docs](other/troubleshoot) / [code](https://github.com/nextflow-io/training/tree/master/other/troubleshoot))
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[Lancer la formation pratique :material-arrow-right:](hands_on/index.md){ .md-button }
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-**hands-on (rnaseq)** — Développement d’un pipeline pour l’analyse bulk RNAseq (obsolète) ([docs](other/hands_on) / [code](https://github.com/nextflow-io/training/tree/master/other/hands-on))
|[Seqera](https://seqera.io/)|[Seqera Community Forum](https://community.seqera.io)|
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Vous ne savez pas où aller ? Consultez la page [Obtenir de l'aide](help.fr.md).
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## Crédits et contributions
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[{ align=right }](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/)
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Tous les documents de formation ont été rédigés à l'origine par [Seqera](https://seqera.io)mais il a été mis en libre accès ([CC BY-NC-ND](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/)) pour la communauté.
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+
Ce matériel de formation est développé et maintenu par [Seqera](https://seqera.io)et publié sous une licence open source ([CC BY-NC-ND](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/)) au bénéfice de la communauté. Vous êtes libre de réutiliser ces ressources conformément aux conditions de la licence. Si vous êtes formateur·trice et que vous organisez vos propres sessions, nous serions ravis d’avoir votre retour sur votre expérience et de savoir ce que nous pourrions faire pour vous faciliter la tâche.
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Les corrections et améliorations apportées par la communauté sont les bienvenues.
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Chaque page a un :material-file-edit-outline: l'icône en haut à droite de la page, qui vous conduira à GitHub où vous pourrez éditer le matériel source de la formation par le biais d'une pull-request.
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Nous accueillons avec plaisir les corrections et améliorations proposées par la communauté. Chaque page comporte une icône :material-file-edit-outline: en haut à droite qui vous redirige vers GitHub, où vous pouvez proposer des modifications du contenu via une pull request.
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