FDPG | Datenextraktion mit TORCH

[mgebhardttmf]

Liebe DIZ,

wir freuen uns riesig Ihnen heute TORCH für die Installation anzukündigen.
Die zentralen Infrastrukturbeteiligten aus dem FDPG (FDPG+ Team) haben ein Tool (TORCH) entwickelt, welches lokal am Standort projektspezifische Datenextraktionsprozesse ausführt und damit Datensparsamkeit für Forschungsprojekte gewährleistet.
TORCH minimiert den Gesamtdatenbestand auf einen Projekt-Datensatz im NDJSON Format, welches im Anschluss weiterverarbeitet werden kann: Pseudonymisierung, Vergröberung, Transfer in einen Projekt-FHIR-Server, Verflachung.
TORCH extrahiert ausschließlich Patienten, die die Einschlusskriterien der Kohorten Selektion erfüllen und minimiert die Datenpunkte dieser Patienten auf Merkmale, die für das Forschungsprojekt relevant sind (Merkmal Selektion).
Der Input für TORCH wird über das FDPG Datenportal definiert und beschränkt sich auf im KDS spezifizierte Dateninhalte. Das Ausführen von TORCH am Standort erfolgt manuell.

Ziel des Tools ist es Forschenden und DIZ Mitarbeitenden die aufwändige Programmierung von Datenextraktionsskripten zu ersparen.

TORCH ist Teil des „feasibility triangle“ und ist abhängig von sq2cql oder flare (fhirsearch) sowie der Ontologie.
• Eine Anleitung zum Deployment befindet sich hier:
https://github.com/medizininformatik-initiative/feasibility-deploy/blob/main/feasibility-triangle/torch/TORCH.md
• Weitere Informationen im TORCH Repo hier:
https://github.com/medizininformatik-initiative/torch
• Eine Vorlage mit Informationen für lokale Betriebskonzepte oder Datenschutzfreigaben ist im Anhang. Für weitere Anforderungen oder fehlende Informationen bitte bei mir melden.
Betriebskonzept_Torch.docx

• Feedback, Fragen, Anforderungen gerne direkt in das TORCH Repo als Issues ablegen:
https://github.com/medizininformatik-initiative/torch/issues
• Eine Datendefinition zum Testen ist ebenfalls angehängt. Die Anfrage lief an anderen Standorten relativ schnell durch (unter 30min).
Die aktuelle Oberfläche zum Zusammenklicken der Datendefinitions JSON in der FDPG Produktivumgebung ist noch nicht auf dem neuesten Stand.
Beispiel_Datendefinition_07_08_2025.json

Weitere Test-Datendefinitionen müssen im Moment deshalb noch von uns zentral erstellt werden. Dazu sich aber gerne melden.
• Die DIZ Tech / DSF-Sprechstunde (Montags um 14Uhr) kann gerne für Supportanfragen / Debugging / Fragen genutzt werden. Die Entwickler Lucas Triefenbach, Alexander Kiel, Julian Gründner, Bastian Schaffer und ich werden dort regelmäßig vertreten sein.
• Community Support gibt es auf Zulip: https://mii.zulipchat.com/#narrow/channel/512793-TORCH

Wir freuen uns auf das Feedback der Standorte.

Mit freundlichen Grüßen

Philip Overton für das FDPG+ Team