@@ -113,7 +113,7 @@ public function setOptions(array $options)
113
113
public function setSequences ($ a , $ b )
114
114
{
115
115
$ this ->setSeq1 ($ a )
116
- ->setSeq2 ($ b );
116
+ ->setSeq2 ($ b );
117
117
118
118
return $ this ;
119
119
}
@@ -284,31 +284,31 @@ public function findLongestMatch($alo, $ahi, $blo, $bhi)
284
284
while ($ bestI > $ alo && $ bestJ > $ blo && !$ this ->isBJunk ($ b [$ bestJ - 1 ]) &&
285
285
!$ this ->linesAreDifferent ($ bestI - 1 , $ bestJ - 1 )
286
286
) {
287
- --$ bestI ;
288
- --$ bestJ ;
289
- ++$ bestSize ;
287
+ --$ bestI ;
288
+ --$ bestJ ;
289
+ ++$ bestSize ;
290
290
}
291
291
292
292
while ($ bestI + $ bestSize < $ ahi &&
293
293
($ bestJ + $ bestSize ) < $ bhi &&
294
294
!$ this ->isBJunk ($ b [$ bestJ + $ bestSize ]) &&
295
295
!$ this ->linesAreDifferent ($ bestI + $ bestSize , $ bestJ + $ bestSize )
296
296
) {
297
- ++$ bestSize ;
297
+ ++$ bestSize ;
298
298
}
299
299
300
300
while ($ bestI > $ alo && $ bestJ > $ blo && $ this ->isBJunk ($ b [$ bestJ - 1 ]) &&
301
- !$ this ->linesAreDifferent ($ bestI - 1 , $ bestJ - 1 )) {
302
- --$ bestI ;
303
- --$ bestJ ;
304
- ++$ bestSize ;
301
+ !$ this ->linesAreDifferent ($ bestI - 1 , $ bestJ - 1 )) {
302
+ --$ bestI ;
303
+ --$ bestJ ;
304
+ ++$ bestSize ;
305
305
}
306
306
307
307
while ($ bestI + $ bestSize < $ ahi &&
308
308
$ bestJ + $ bestSize < $ bhi && $ this ->isBJunk ($ b [$ bestJ + $ bestSize ]) &&
309
309
!$ this ->linesAreDifferent ($ bestI + $ bestSize , $ bestJ + $ bestSize )
310
310
) {
311
- ++$ bestSize ;
311
+ ++$ bestSize ;
312
312
}
313
313
314
314
return [
@@ -367,16 +367,9 @@ public function getMatchingBlocks()
367
367
$ aLength = count ($ this ->a );
368
368
$ bLength = count ($ this ->b );
369
369
370
- $ queue = [
371
- [
372
- 0 ,
373
- $ aLength ,
374
- 0 ,
375
- $ bLength
376
- ]
377
- ];
378
-
370
+ $ queue = [[0 , $ aLength , 0 , $ bLength ]];
379
371
$ matchingBlocks = [];
372
+
380
373
while (!empty ($ queue )) {
381
374
list ($ alo , $ ahi , $ blo , $ bhi ) = array_pop ($ queue );
382
375
$ x = $ this ->findLongestMatch ($ alo , $ ahi , $ blo , $ bhi );
@@ -408,7 +401,8 @@ public function getMatchingBlocks()
408
401
$ i1 = 0 ;
409
402
$ j1 = 0 ;
410
403
$ k1 = 0 ;
411
- $ nonAdjacent = [$ this , 'tupleSort ' ];
404
+ $ nonAdjacent = [];
405
+
412
406
foreach ($ matchingBlocks as $ block ) {
413
407
list ($ i2 , $ j2 , $ k2 ) = $ block ;
414
408
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