Merge pull request #7 from ntraut/master

Makefile + small fix

Makefile

@@ -0,0 +1,27 @@
+CC=gcc
+CFLAGS=-Wall
+LDFLAGS=-lm
+EXEC=volume
+
+all: $(EXEC)
+
+volume: main.o Analyze.o MGH.o Nifti.o
+	$(CC) $(LDFLAGS) main.o Analyze.o MGH.o Nifti.o -o volume
+
+main.o: main.c
+	$(CC) $(CFLAGS) -c main.c
+
+Analyze.o: Analyze.c
+	$(CC) $(CFLAGS) -c Analyze.c
+
+MGH.o: MGH.c
+	$(CC) $(CFLAGS) -c MGH.c
+
+Nifti.o: Nifti.c
+	$(CC) $(CFLAGS) -c Nifti.c
+
+clean:
+	rm -rf *.o
+
+mrproper: clean
+	rm -rf $(EXEC)

main.c

@@ -2559,6 +2559,7 @@ int saveMaskedVolume_Text(char *path, char *maskpath){
     AnalyzeHeader	*mask_hdr;
     char			*mask_img;
     int				mask_dim[4];
+    int				i, j, k;
 
     loadVolume(maskpath,&mask_hdr,&mask_img);
     mask_dim[0]=mask_hdr->dim[1];
@@ -2571,9 +2572,9 @@ int saveMaskedVolume_Text(char *path, char *maskpath){
 
     printf("volume: min:%f max:%f \n",min(),max());
 
-    for(int i=0;i<dim[0];i++)
-		for(int j=0;j<dim[1];j++)
-			for(int k=0;k<dim[2];k++){
+    for(i=0;i<dim[0];i++)
+		for(j=0;j<dim[1];j++)
+			for(k=0;k<dim[2];k++){
                 int mask_i = k*mask_dim[1]*mask_dim[0]+j*mask_dim[0]+i;
                 if (getValue2(mask_i,mask_hdr, mask_img)!=0 ){               //masking
                     fprintf(f, "%f ",getValue(i, j, k));