SIMD を使用した配列オブジェクトを試作し, 転写, 相補鎖の生成などがどれだけ高速化されるか検証する.
Activity
rrbox commentedon Aug 15, 2022
#20 相補鎖の生成速度については 2倍以上向上した.
rrbox commentedon Aug 15, 2022
複合塩基数の集計にはあまり向かないようであった. むしろ4倍遅くなった.
rrbox commentedon Aug 15, 2022
Uint8 の比較を,
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オペレーターを使うとうまくいくかもしれない.rrbox commentedon Aug 15, 2022
SIMDMask を算出する
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演算を検討したが, 実行速度は改善されず, 以前同様4倍ほど遅かった.[-]SIMD による高速化[/-][+]高速化[/+]rrbox commentedon Aug 17, 2022
N を無視しない複合塩基数の集計 の計算で, 以下のような改善が見られた.