sample_run_cmd

python3 STICI_V1.1.py --mode train --which-chunk 1 --save-dir ./alaki --ref ./data/STI_benchmark_datasets/ALL.chr22.training.samples.100k.any.type.0.01.maf.variants.vcf.gz --min-mr 0.85 --max-mr 0.95 --cs 2048 --sites-per-model 10240 --co 64 --na-heads 16 --embed-dim 128 --batch-size-per-gpu 4 --tihp 1 --lr 0.002 --restart-training 1 --verbose 1
python3 STICI_V1.1.py --save-dir ./alaki --ref ./data/test_purpose_datasets/Chr22_Dels_train_fold_1.vcf --min-mr 0.8 --max-mr 0.8 --na-heads 16 --embed-dim 128 --batch-size-per-gpu 4 --tihp 1 --verbose 1 --cs 2048 --co 64 --sites-per-model 10240 --lr 0.002 --restart-training 1
python3 STICI_V1.1.py --save-dir ./alaki --ref ./data/test_purpose_datasets/Chr22_SVs_train_fold_1.vcf --min-mr 0.8 --max-mr 0.8 --na-heads 16 --embed-dim 128 --batch-size-per-gpu 4 --tihp 1 --verbose 1 --cs 2048 --co 64 --sites-per-model 10240 --lr 0.002 --restart-training 1