pang gawa ng puno ng pag-uugnay (relationship tree) ng iba't ibang lahi ng mycobacterium tuberculosis
ito ay pang illumina paired-end reads lang
- STEP 0: clone repository
https://github.com/wewantsaul/TBtree.git
pero kung meron na, wag na. kung meron na, punta ka sa loob:
cd TBtree - STEP 1: activate nextflow environment
conda activate nextflow-env - STEP2: type mo lang to
nextflow main.nf --reads <path/to/reads> --out_dir <name/of/directory>- <path/to/reads>: pinaglalagyan ng hilaw na basa
- <name/of/directory>: pangalan ng karpeta (folder) - dito mapupunta lahat ng dokumento ng pagsasaliksik
- STEP3: kopyahin sa lokal mong kompyuter ang resultang karpeta
- hanapin ang 06_iqtree sa loob ng karpeta
- pagkabukas, hanapin ang file na mayroong
*.treefilena format - hilain at ihulog (drag and drop) dito