|
| 1 | +# TCRmodel2 |
| 2 | + |
| 3 | +O [TCRmodel2](https://academic.oup.com/nar/article/51/W1/W569/7151345) é um programa de predição de estrutura de proteínas baseado em adaptações do AlphaFold2. Apresenta alta acurácia de predição do complexo TCR:pMHC, assim como, estruturas unbound de TCRs. O tempo de predição (~15 minutos por complexo para as regiões variáveis) também é reduzido em comparação a outros modelos. As predições já possuem resíduos renumerados para o esquema AHo e cadeias renomeadas para MHC (A), peptídeo (C), TCRalpha (D) e TCRbeta (E). |
| 4 | + |
| 5 | +Para mais informações sobre TCRmodel2, acesse <https://github.com/piercelab/tcrmodel2>. |
| 6 | + |
| 7 | +## Carregando o módulo |
| 8 | + |
| 9 | +Para habilitar o TCRmodel2 no HPCC Marvin, você deve carregar o módulo `tcrmodel2`: |
| 10 | + |
| 11 | +```bash |
| 12 | +module load tcrmodel2 |
| 13 | +``` |
| 14 | + |
| 15 | +Para acessar a documentação do modulo, utilize: |
| 16 | + |
| 17 | +```bash |
| 18 | +module help tcrmodel2 |
| 19 | +``` |
| 20 | + |
| 21 | +## Executando o módulo |
| 22 | + |
| 23 | +O TCRmodel2 oferece dois principais scripts: |
| 24 | + |
| 25 | +- `run_tcrmodel2.py`: predição do complexo TCR:pMHC que pode ser chamado com `tcrmodel2` |
| 26 | +- `run_tcrmodel2_ub_tcr.py`: predição de estruturas unbound de TCRs que pode ser chamado com `tcrmodel2_ub_tcr` |
| 27 | + |
| 28 | +Ambos scripts contém diferentes flags. Para obter informações sobre o uso de cada um, execute: |
| 29 | + |
| 30 | +``` |
| 31 | +tcrmodel2 --help #or |
| 32 | +tcrmodel2_ub_tcr --help |
| 33 | +``` |
| 34 | + |
| 35 | +<div class="warning"> |
| 36 | + <br>O banco de dados e pesos do AF2 estão na pasta <code>/public</code> do HPC e são necessários para execução dos scripts.</br> |
| 37 | +</div> |
| 38 | + |
| 39 | + |
| 40 | +## Submetendo jobs |
| 41 | + |
| 42 | +A execução do TCRmodel2 no HPCC Marvin é feita por meio de scripts de submissão no SLURM. Para modelar apenas o TCR unbound, crie um arquivo de script, por exemplo `tcrmodel2.sh`, com o seguinte conteúdo: |
| 43 | + |
| 44 | +```bash |
| 45 | +#!/bin/bash |
| 46 | +#SBATCH --job-name=tcrmodel2 |
| 47 | +#SBATCH --ntasks=1 |
| 48 | +#SBATCH --cpus-per-task=6 |
| 49 | +#SBATCH --partition=short-gpu-small |
| 50 | +#SBATCH --mem-per-cpu=8G |
| 51 | +#SBATCH --gres=gpu:1g.5gb:5 |
| 52 | +#SBATCH --output=slurm.out |
| 53 | +#SBATCH --error=slurm.error |
| 54 | + |
| 55 | +ml load tcrmodel2 |
| 56 | + |
| 57 | +OUTPUT_DIR="/output" |
| 58 | +TCRA="GQQVMQIPQYQHVQEGEDFTTYCNSSTTLSNIQWYKQRPGGHPVFLIQLVKSGEVKKQKRLTFQFGEAKKNSSLHITATQTTDVGTYFCAVSYGGSQGNLIFGKGTKLSVKP" |
| 59 | +TCRB="DGGITQSPKYLFRKEGQNVTLSCEQNLNHDAMYWYRQDPGQGLRLIYYSQIVNDFQKGDIAEGYSVSREKKESFPLTVTSAQKNPTAFYLCASSIRSTDTQYFGPGTRLTVLE" |
| 60 | + |
| 61 | +tcrmodel2_ub_tcr --job_id=test --output_dir=$OUTPUT_DIR --tcra_seq=$TCRA --tcrb_seq=$TCRB --ori_db=/database/ --tp_db=/opt/tcrmodel2/data/databases --relax_structures=True --max_template_date=2100-01-01 |
| 62 | +``` |
| 63 | +Ao carregar o módulo tcrmodel2, ficarão disponíveis dois comandos (**tcrmodel2** e **tcrmodel2_ub_tcr**) para modelar, respectivamente, o complexo inteiro ou somente TCRab. Lembrando que, para modelar o complexo inteiro, siga as instruções do repositório do TCRmodel2 para configurar as flags e substitua o comando `tcrmodel2_ub_tcr` por `tcrmodel2` no script do slurm. |
| 64 | + |
| 65 | +Para submeter o job, salve o script e utilize o comando `sbatch`: |
| 66 | + |
| 67 | +```bash |
| 68 | +sbatch tcrmodel2.sh |
| 69 | +``` |
| 70 | + |
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