MimNet (zwijanie białek)

Projekt inspirowany grą FoldIt. Celem jest predykcja koordynatów 3D atomów C_alpha z użyciem sieci MimNet.

Wymagania

• python 3.11
• requirements.txt Wszystkie wymagane biblioteki można zainstalować poleceniem:

pip install -r requirements.txt

Pamiętaj, żeby wykonać

export PYTHONPATH=.

Trening modelu

Aby rozpocząć trening modelu, użyj:

make train

lub bezpośrednio:

python scripts/train_mimnet.py

Model oraz logi TensorBoard zapisywane są w katalogach checkpoints/ oraz logs/. Możesz też skorzystać z gotowego modelu w checkpoints/.

Ewaluacja

Aby przetestować wytrenowany model:

make test

Wizualizacja

Do wizualizacji wyników możesz użyć:

make plot

W katalogu images będą pojawiać się obrazki.

TensorBoard

Aby śledzić postęp treningu:

tensorboard --logdir logs

i otwórz podany adres w przeglądarce.

Raport

Omówienie problemu znajduje się w pliku raport.pdf

---

Projekt został wykonany w ramach kursu Metody Probabilistyczne w Uczeniu Maszynowym na Uniwersytecie Jagiellońskim.