added: csubst_commands.sh and command tests

Author: kamome1201

.github/workflows/csubst-smoke.yml

@@ -71,3 +71,8 @@ jobs:
             $RUNNER_TEMP/csubst_smoke/_artifacts*
           if-no-files-found: ignore
           retention-days: 7
+
+      # --- command tests ---
+      - name: Run command tests
+        shell: bash -l {0}
+        run: bash ci/csubst_commands.sh

ci/csubst_commands.sh

@@ -0,0 +1,97 @@
+#!/usr/bin/env bash
+set -euo pipefail
+
+echo "== csubst command tests =="
+
+which csubst
+csubst --version || true
+
+# --- ヘルプ確認（存在チェック） ---
+csubst -h | grep -E '\bdataset\b' >/dev/null
+csubst -h | grep -E '\banalyze\b'  >/dev/null
+csubst -h | grep -E '\bsite\b'     >/dev/null
+csubst -h | grep -E '\bsimulate\b' >/dev/null
+csubst analyze  -h | grep -- '--alignment_file'   >/dev/null
+csubst site     -h | grep -- '--alignment_file'   >/dev/null
+csubst simulate -h | grep -- '--alignment_file'   >/dev/null
+
+# --- 作業ディレクトリ（smoke と共通） ---
+WORKDIR="${RUNNER_TEMP:-$(mktemp -d)}/csubst_smoke"
+mkdir -p "$WORKDIR"
+cd "$WORKDIR"
+
+# 最小データが無い場合は生成
+if [ ! -s alignment.fa ]; then
+  csubst dataset --name PGK
+fi
+test -s alignment.fa && test -s tree.nwk && test -s foreground.txt
+
+# 便利関数：新規ファイル検出
+newer_than() { find . -maxdepth 1 -type f -newer "$1" -printf "%f\n" || true; }
+
+# --- analyze（既定＝ECM系） ---
+rm -f alignment.fa.{iqtree,log,rate,state,treefile} || true
+MARKER=$(mktemp); sleep 1; touch "$MARKER"
+env PYTHONOPTIMIZE=1 OMP_NUM_THREADS=1 csubst analyze \
+  --alignment_file alignment.fa \
+  --rooted_tree_file tree.nwk \
+  --foreground foreground.txt \
+  --threads 1
+# 生成物（TSV）が増えたか
+NEW_TSV=($(find . -maxdepth 1 -type f -name "csubst_*.tsv" -newer "$MARKER" -print))
+[ ${#NEW_TSV[@]} -ge 1 ] || { echo "ERROR: analyze 後に TSV が増えていない"; exit 1; }
+echo "OK: analyze(created): ${NEW_TSV[*]}"
+
+# --- analyze（GY 分岐） ---
+rm -f alignment.fa.{iqtree,log,rate,state,treefile} || true
+MARKER=$(mktemp); sleep 1; touch "$MARKER"
+env PYTHONOPTIMIZE=1 OMP_NUM_THREADS=1 csubst analyze \
+  --alignment_file alignment.fa \
+  --rooted_tree_file tree.nwk \
+  --foreground foreground.txt \
+  --iqtree_model GY+F3x4+R2 \
+  --threads 1
+NEW_TSV=($(find . -maxdepth 1 -type f -name "csubst_*.tsv" -newer "$MARKER" -print))
+[ ${#NEW_TSV[@]} -ge 1 ] || { echo "ERROR: analyze(GY) 後に TSV が増えていない"; exit 1; }
+echo "OK: analyze(GY)(created): ${NEW_TSV[*]}"
+
+# --- site（サイト別計算：最小オプション） ---
+rm -f alignment.fa.{iqtree,log,rate,state,treefile} || true
+MARKER=$(mktemp); sleep 1; touch "$MARKER"
+# ※ site も内部で祖先状態を使うため、念のため assert 無効化を局所適用
+env PYTHONOPTIMIZE=1 OMP_NUM_THREADS=1 csubst site \
+  --alignment_file alignment.fa \
+  --rooted_tree_file tree.nwk \
+  --foreground foreground.txt \
+  --threads 1
+NEW_SITE_TSV=($(find . -maxdepth 1 -type f -name "csubst_site*.tsv" -newer "$MARKER" -print))
+# ファイル名が将来変わっても拾えるよう、site 実行直後に新規 TSV があるかも見る
+[ ${#NEW_SITE_TSV[@]} -ge 1 ] || NEW_SITE_TSV=($(find . -maxdepth 1 -type f -name "*.tsv" -newer "$MARKER" -print))
+[ ${#NEW_SITE_TSV[@]} -ge 1 ] || { echo "ERROR: site 実行で TSV が作られていない"; exit 1; }
+echo "OK: site(created): ${NEW_SITE_TSV[*]}"
+
+# --- simulate（シミュレーション：デフォルト） ---
+MARKER=$(mktemp); sleep 1; touch "$MARKER"
+# simulate は多くの場合 IQ-TREE を起動しないので速いはず。安全のため threads=1。
+env PYTHONOPTIMIZE=1 csubst simulate \
+  --alignment_file alignment.fa \
+  --rooted_tree_file tree.nwk \
+  --foreground foreground.txt \
+  --threads 1
+NEW_SIM=($(find . -maxdepth 1 -type f \( -name "*.fa" -o -name "*.fasta" -o -name "*.phy" \) -newer "$MARKER" -print))
+[ ${#NEW_SIM[@]} -ge 1 ] || { echo "ERROR: simulate 実行で配列ファイルが作られていない"; exit 1; }
+echo "OK: simulate(created): ${NEW_SIM[*]}"
+
+# --- 体裁の最小チェック（TSV ヘッダ & 非空） ---
+TSV_PICK="${NEW_TSV[0]}"
+[ -n "${TSV_PICK:-}" ] && [ -s "$TSV_PICK" ] && grep $'\t' "$TSV_PICK" >/dev/null || true
+
+# --- アーティファクト収集 ---
+ART="$WORKDIR/_artifacts_cmd"
+mkdir -p "$ART"
+# 直近の生成物をざっくり集める
+for f in csubst_*.tsv alignment.fa.{iqtree,log,rate,state,treefile} *.fa *.fasta *.phy; do
+  [ -f "$f" ] && cp -v "$f" "$ART" || true
+done
+
+echo "Command tests OK"