CDS tool chain v1.3.1

Allgemein

• Bugfixes
  • Add dependency libudunits2-dev for R-package units

What's Changed

• fix: added debian package libudunits2-dev as dependency for R package… by @rennkater in #977
• Develop -> Release by @Flow191 in #978
• Release by @Flow191 in #979

New Contributors

• @rennkater made their first contribution in #977

Full Changelog: v1.3.0...v1.3.1

CDS tool chain v1.3.0

Allgemein

• Erweiterung der DrugDisease MRP-Berechnung durch absolute Laborwert-Proxies.

  • Funktion zur Umwandlung von Einheiten.
  • Clusterung von mehrfachen ICD Codes zum gleichen Medikament/Diagnose-Cluster
  • Clusterung von Drug Drug/ -Group MRPs
  • Warnmeldungen, wenn Einheiten nicht wie erwartet vorliegen.

• Erweiterung der Testinfrastruktur und von Testfällen, insbesondere für Drug-Disease.

• DB stellt sicher, dass Datensätze korrekt als "bereits bekannt" oder "neu" erkannt werden.

• Bugfixes

  • Gültigkeitsbereiche bei Diagnose-Proxys wurden nicht beachtet.
  • Laborwert-Proxys mit absoluten Cutoff wurden ohne berechnet zu werden als MRP erkannt.
  • Laborwertberechnung mit sekundären Laborparameter hat nicht funktioniert.

Hinweise

• ⚠️ Migration von DB erforderlich.
• ⚠️ Aktualisierung vom INTERPOLAR-WP7 Repository erforderlich.

What's Changed

• 924 cds2db cds hub updates ohne neuen inhalt by @reuschem in #959
• Tatjana reporting fix by @t-beppler in #968
• DB - exclude db.add_hist_raw_records from cron-job refs #967 by @reuschem in #969
• 947 calculate drug disease mrps with absolute cutoff values by @Flow191 in #970
• Develop -> Release by @Flow191 in #971
• Develop by @Flow191 in #972
• Release -> Main by @Flow191 in #973

Full Changelog: v1.2.1...v1.3.0

CDS tool chain v1.2.1

Allgemein

• Script zum Erstellung, Löschen, Aktivieren, Deaktivieren und Auflisten von Snapshots (Anleitung, Issue #949)
• Bugfixes

Hinweise

• Migration von DB nicht erforderlich.
• Aktualisierung vom INTERPOLAR-WP7 Projekt nicht erforderlich.

What's Changed

• Update cds2db_config.toml by @SebStaeubert in #961
• Create release-version.txt by @SebStaeubert in #962
• 949 snapshot erstellung dokumentation und script by @SebStaeubert in #958
• Develop by @SebStaeubert in #963
• Release by @SebStaeubert in #964

Full Changelog: v1.2.0...v1.2.1

CDS tool chain v1.2.0

Allgemein

• Erweiterung der DrugDisease MRP-Berechnung durch Laborwert-Proxies - Implementierung der LOINC-Mapping Tabelle.

• In REDCap können jetzt, losgelöst vom Stand der DB, eigene Spalten angelegt werden - Fehlende Spalten in der DB beim Einfügen der Daten vom REDCap werden ignoriert.

• Verbesserung/Erweiterung der Test-Fälle (Testpatienten mit Verlegung und MRPs)

• Es erfolgt keine automatische Initialisierung der cds_hub Datenbank beim ersten Aufruf von docker compose up. Die Initialisierung kann ggf. manuell erfolgen, siehe #914 bzw. Install.md.

• Implementierung des Statistical Reports Dataprocessor-Submoduls mit initialen Reports, siehe Readme.md

• Bugfixes

  • Medikamente können mit sich selbst kein MRP mehr erzeugen. (2x identischer ATC beim Vergleich)
  • Alle Medcation Requests der Patienten wurden jedem Patienten zugeordnet, daher sind viel zu viele MRPs berechnet worden.
  • Im Redcap wird bei DrugDisease kein ICD-Code mehr in dem Feld angegeben, sondern als Liste in der Beschreibung des MRP als mögliche DIagnosen angegeben.

Hinweise

• ⚠️ Migration von DB erforderlich.
• ⚠️ Aktualisierung vom INTERPOLAR-WP7 Projekt erforderlich.

What's Changed

• github pages v1.1.0 by @Flow191 in #888
• 898 fix bug with invalid medicationsanalysis by @astruebi in #899
• 820 add calculation of lab values for drug disease mrps by @Flow191 in #904
• Update rocker/r-ver Docker tag to v4.5.1 by @renovate[bot] in #853
• 891 enable full integration tests with generated redcap data by @astruebi in #908
• 878 standortspezifische variablen im frontend redcap by @astruebi in #909
• 878 standortspezifische variablen im frontend redcap by @Flow191 in #911
• 902 check column comparability to loinc primary in loinc mapping table by @Flow191 in #910
• automatische Initialisierung durch Auskommentieren des docker-entrypo… by @SebStaeubert in #921
• SQL-Script zum Anlegen der Rollen als docker-entrypoint eingefügt, re… by @SebStaeubert in #922
• GitHub pages by @SebStaeubert in #923
• added curl environmant variables and docu.-hints, refs #404 by @SebStaeubert in #925
• Update Install.md by @SebStaeubert in #926
• 741 migration nur bei bedarf by @reuschem in #931
• 891 enable full integration tests with generated redcap data by @astruebi in #932
• Update rocker/r-ver Docker tag to v4.5.1 by @renovate[bot] in #905
• 553 initiale statistik reports erstellen by @Flow191 in #935
• Update README.md by @t-beppler in #936
• Fix StartDebugSCDToolchain for non interactive runs by @astruebi in #937
• Create README.md for MRP Calculation by @astruebi in #938
• Update release version date by @Flow191 in #939
• Develop -> Release by @Flow191 in #940
• Release -> main by @Flow191 in #941
• Update rocker/r-ver Docker tag to v4.5.1 by @renovate[bot] in #933

New Contributors

• @t-beppler made their first contribution in #936

Full Changelog: v1.1.1...v1.2.0

CDS tool chain v1.1.1

Allgemein

• Bugfixes
  • Behebung von Fehler bei der Ansicht im REDCap, bei dem bei Patienten mit min. 2 IP-Fällen immer der nur der erste Fall in REDCap aktualisiert wurde und die Altdaten im REDCap überschrieben wurden.
  • Behandlung von NA-Werten für Gültigkeitsdauer und Enddatum korrigiert bei der MRP-Berechnung.

What's Changed

• 891 enable full integration tests with generated redcap data by @astruebi in #892
• 893 fix redcap repeat instance in fall fe table by @astruebi in #894
• Develop by @astruebi in #895
• Release by @astruebi in #896

Full Changelog: v1.1.0...v1.1.1

CDS tool chain v1.1.0

Allgemein

• Implementierung von DrugDrug und DrugDrugGroup MRP-Berechnungen

• Skripte zur MRP-Berechnungen werden nur ausgeführt, wenn min. eine Station in "PhaseB" oder "PhaseBTest" gesetzt ist.

• Bugfixes

  • Verlegung von Patienten wird in REDCap korrekt angezeigt.
  • REDCap interne fehlerhafte Dateninterpretation wird umgangen (doppelte Anführungszeichen (") in Textfeldern).
  • Es werden nur noch vom Dataprocessor veränderte Tabellen zurück ins REDCap geschrieben.
  • Medikationsresourcen (Request, Administration, Statement) ohne Referenz zu einer Medikation werden ignoriert.

Hinweise

• ⚠️ Migration von DB erforderlich.
• ⚠️ Aktualisierung vom INTERPOLAR-WP7 Projekt erforderlich.

What's Changed

• 825 <- main by @SebStaeubert in #854
• 825 GitHub pages mit GitHub actions erzeugen 1 by @SebStaeubert in #855
• Update _config.yml by @SebStaeubert in #856
• Main -> Release by @Flow191 in #858
• main<-release by @SebStaeubert in #861
• develop<-main by @SebStaeubert in #862
• 863 old encounter mixed with new encounter by @Flow191 in #866
• Fix different encounters with same redcap_repeat_instance by @astruebi in #867
• 869 frontend encounters are not updated to finished by @Flow191 in #870
• 872 station wird in redcap nicht korrekt angezeigt by @Flow191 in #874
• 819 calculate drug drug mrps by @Flow191 in #875
• Hanlde NA values in Medication References by @astruebi in #879
• 880 prevent mrp calculation if all wards are in study phase a by @Flow191 in #881
• 873 db2frontend unrecognized or bad http content or transfer encoding error while processing content unencoding incorrect header check by @Flow191 in #882
• Fix forgotten renamed variable by @Flow191 in #883
• Remove browser by @Flow191 in #884
• 819 calculate drug drug and drug drug group mrps by @Flow191 in #885
• Develop -> Release by @Flow191 in #886
• Release by @Flow191 in #887

Full Changelog: v1.0.1...v1.1.0

CDS tool chain v1.0.1

Allgemein

• Bugfixes
  • Gelöschte REDCap-Felder wieder in REDCap und Datenbank eingefügt.
  • Berichtigung eines Typos im Spaltennamen "ret_bewerter2_pipeline".

Hinweise

• ⚠️ Bitte eine Migration des INTERPOLAR REDCap Projektes durchführen. Dazu das neue (REDCap Projekt und DataDictionary v1.0.1 im MII SharePoint) verwenden.
• ⚠️ Migration von DB erforderlich.

What's Changed

• 825 GitHub pages mit GitHub actions erzeugen 1 by @SebStaeubert in #830
• main -> develop by @astruebi in #842
• 841 ingnore non ip ward encounters in db mrp calculations table by @astruebi in #843
• 847 fix frontend table description by @Flow191 in #848
• Develop by @astruebi in #849
• Release by @astruebi in #850

Full Changelog: v1.0.0...v1.0.1

CDS tool chain v1.0.0

Allgemein

• Zuordnung von Station zu Studienphase
• Berechnung von Drug-Disease MRPs in Studienphasen "PhaseB" und "PhaseBTest" und Anzeige im Frontend
• Optimierungen der DB
• Anpassungen am Frontend

Hinweise

• ⚠️ Frontend/REDCap: Die Änderungen können manuell im bestehenden REDCap-Projekt durchgeführt werden, siehe die beiden mit Version "1.0.0" markierten Zeilen in der Changelog-Tabelle. Alternativ kann eine Migration des INTERPOLAR REDCap Projektes durchgeführt werden (REDCap Projekt und DataDictionary v1.0.0 im MII SharePoint).
• ⚠️ Migration von DB erforderlich
• ⚠️ Bitte Checkliste zur Aktivierung der MRP-Berechnung beachten.
• ⚠️ Das INTERPOLAR-WP7 Git-Repository mit den MRP-Listen muss manuell in die CDS-Toolchain eingebunden werden eingebunden werden, siehe Anleitung.

What's Changed

• 437 prepare scripts for mrp calculation by @astruebi in #552
• 575 inhalt und metadaten von wp7 listen in db speichern by @Flow191 in #759
• Quit processes on error with return value 1 by @astruebi in #764
• 765 fix changed redcap list values delimiter in csv export by @astruebi in #766
• 177 berechnung drug disease mrps by @astruebi in #769
• 575 inhalt und metadaten von wp7 listen in db speichern by @Flow191 in #771
• Enable adding columns per extension file in frontend DB tables by @astruebi in #774
• 646 citationcff hinzufuegen by @SebStaeubert in #799
• 177 berechnung drug disease mrps by @Flow191 in #806
• 787 index verbessern und in migration integrieren by @Flow191 in #807
• 177 berechnung drug disease mrps by @Flow191 in #808
• 177 berechnung drug disease mrps by @Flow191 in #809
• 793 handlungsanweisung für test ip 1b by @Flow191 in #815
• Develop by @Flow191 in #816
• Release by @Flow191 in #817
• Fix brackets in sql query by @Flow191 in #823
• 836 anbindung wp7 ordner git submodule entfernen und docker composeyml anpassen by @SebStaeubert in #837
• Release by @SebStaeubert in #838

Full Changelog: v0.2.11...v1.0.0

CDS tool chain v0.2.11

Allgemein

• Hotfixes
  • CDS-Toolchain Performance erhöht.
• Unterteilung der DB2Frontend Aufrufe: erfolgt jetzt in 2 Schritten, damit im kompletten Durchlauf die aktuellen Daten aus dem Frontend berücksichtigt werden.
• Bugfixes
  • Eine Datenbank-View kann ggf. Patienten mehrfach angezeigt haben (Verlegung zwischen IP-Stationen).
  • Verhindern eines Abbruchs der Toolchain bei nicht KDS-konformen Encountern (wenn Startdatum fehlt).
  • FHIR-Search-Timeout lässt sich zuverlässig auf mehr als 10 Minuten stellen.

Hinweise

• Es wurden keine Änderungen an den config-toml-Dateien vorgenommen.
• Die Datenbank muss migriert werden, siehe #749

What's Changed

• V0.2.10 hotfix by @Flow191 in #782
• Release by @Flow191 in #783

Full Changelog: v0.2.10...v0.2.11

CDS tool chain v0.2.10

Allgemein

• Filterung nach Stationen (REDCap Data Access Groups - DAG), Beschreibung siehe [R-cds2db/cds2db_config.toml]( https://github.com/medizininformatik-initiative/INTERPOLAR/blob/422e04d1f4856f1c3e712234f78e2ecd206c03f2/R-
  cds2db/cds2db_config.toml#L149)
• DB:
  • Migration Skripte entwickelt
  • Logging von Änderungen an der DB-Struktur
• REDCap Anpassungen, siehe IP-Wiki
  • Fall: Layout
  • Fall: Benennung Felder bzgl. Größe und Gewicht korrigiert
• REDCap Migration, siehe Discussion #737
• Update R-Version
• Fehlerbehandlung verbessert
• Lizenz hinzugefügt (Apache-2.0)
• Performance-Optimierungen
• Bugfixes, u.a.
  • Vorkommen von Patienten auf mehreren Stationen
  • Fehler bei der Anzeige von Fall und Zimmernummer
  • curl-Timeouts werden berücksichtigt
  • abgebrochene DB-Verbindungen wiederherstellen

Hinweise

Nach der Installation sind die folgenden Schritte erforderlich:

• DB-Migration, siehe Discussion #749
• REDCap-Migration, siehe Discussion #737

What's Changed

• 668 erkennen wenn patienten im frontend geändert aus fhir kommen by @Flow191 in #669
• Sql scriptgenerierung erweitern by @astruebi in #671
• Create and Update Data Access Groups in Redcap by @astruebi in #676
• Create LICENSE by @SebStaeubert in #675
• Update Frontend_Table_Description and dictionary by @Flow191 in #677
• 661 typo in tabledescriptiondefinition medreq intend statt intent by @Flow191 in #678
• 666 fix fhir resource download by @Flow191 in #679
• 665 dokumentation änderung der datenbankstruktur by @reuschem in #681
• Add deceasedDateTime in Table_Description and SQL scrips by @Flow191 in #682
• 670 fall fe tabelle je eine spalte für encid und encidentifier2 by @Flow191 in #683
• 644 retry bei fhir search abfragen by @astruebi in #684
• 667 fhir metadatum update separat behandeln by @reuschem in #689
• 644 retry bei fhir search abfragen by @Flow191 in #691
• Fix missing grant in SQL script for last import view by @Flow191 in #692
• Fix query for pids_per_ward_last by @Flow191 in #693
• 667 fhir metadatum update separat behandeln by @reuschem in #694
• DB - Correct code typo Refs #667 by @reuschem in #698
• Add parameter to download FHIR resources by subject= again by @astruebi in #704
• 686 cds2db auslastung auf die vm by @SebStaeubert in #702
• 703 patienten ohne vornamen by @Flow191 in #709
• disable multiple encounter in pids_per_ward by @Flow191 in #710
• 711 fhir search min patient age can be null by @astruebi in #713
• 703 patienten ohne vornamen2 by @Flow191 in #712
• 715 reactivate fhircrackr installation from cran in dockerfile r by @Flow191 in #716
• 714 fix filter for multiple encounters per patient by @astruebi in #717
• Enable run cron job function from R code by DB toml parameter by @astruebi in #719
• 720 fix git not found error in docker run by @Flow191 in #721
• 722 optimize database calls for observations by @astruebi in #723
• 724 validate encounter subject references by @Flow191 in #725
• 462 data access groups im importskript berücksichtigen by @astruebi in #726
• Retrieve git informations by @Flow191 in #728
• 729 update r version on docker1 by @astruebi in #730
• 732 update redcap version and db scripts by @Flow191 in #733
• 674 zimmernummerbett in fall fe by @astruebi in #735
• Develop by @astruebi in #736
• 727 no patient ref found in pids per ward after check patients on multiple wards by @astruebi in #738
• 685 umschreiben der sql createskripte so das diese auch als migrationsskripte verwendbar sind by @reuschem in #742
• 743 reopen closed database connection by @Flow191 in #744
• Add missing new line in log message by @astruebi in #747
• Develop -> Release 0.2.10 by @astruebi in #748
• Release v0.2.10 by @SebStaeubert in #751

Full Changelog: v0.2.9...v0.2.10